在诉讼中，若一方先对案件主体进行答辩，之后又提出诉讼时效抗辩，法院会根据具体情况进行处理，核心结论如下：

1. 诉讼时效抗辩的提出时机与法院审查原则
   根据《民法典》及相关司法解释，诉讼时效抗辩属于实体权利的抗辩，法院不会主动审查，需由被告明确提出。若被告在答辩期内未提出时效抗辩，但在后续庭审中提出，法院仍会审查其合法性。但需注意：

   • 一审未提，二审提出：若被告在一审中未提出时效抗辩，二审中才提出，法院通常不予支持，除非有新证据证明时效已过（如对方自认、新发现的时效中断事由等）。
     
   • 一审提出后撤回，二审再提：若被告在一审中提出时效抗辩后又撤回，二审中再次提出，法院可能认为其放弃抗辩权利，不予支持。
     

2. 先答辩主体后提时效的合理性分析

   • 不冲突情形：若主体答辩（如否认原告主体资格、主张被告不适格）与时效抗辩针对不同事实，法院会分别审查。例如，被告先主张原告非合同相对方，后又主张原告起诉超过时效，两者不矛盾，法院会独立判断。
     
   • 可能冲突情形：若主体答辩与时效抗辩存在逻辑关联（如被告先承认合同效力但主张履行期未到，后又主张时效已过），法院可能认为被告自认合同效力后，时效抗辩缺乏依据，不予采纳。
     

3. 实务建议

   • 被告方：若计划提出时效抗辩，应在答辩期内明确提出，避免后续因程序问题被驳回。若需先答辩主体问题，可同时说明“暂不放弃时效抗辩”，保留权利。
     
   • 原告方：若被告先答辩主体后提时效，可主张被告未在法定期间内提出时效抗辩，或提供证据证明时效中断（如催告记录、协商证据等），削弱被告抗辩效力。
     

总结：法院会结合抗辩提出时机、事实关联性及双方举证情况，综合判断时效抗辩是否成立。若您涉及具体案件，可进一步说明细节，我将为您分析抗辩策略或应对方案。