针对“小三怀孕了对方不承认，也拒绝亲子认定，小三会怎么办”这一问题，以下是从法律角度给出的全面分析：

1. 法律途径确认亲子关系：

   • 诉讼申请：若对方拒绝配合进行亲子鉴定，小三可以通过法律途径，即向法院提起诉讼，请求确认亲子关系。在此过程中，法院有权根据具体情况，要求对方进行亲子鉴定。若对方无正当理由拒绝，法院可能会依据其他证据（如双方交往记录、证人证言等）进行推定，从而确认亲子关系。
   • 法律依据：根据《民法典》及相关司法解释，非婚生子女与婚生子女享有同等的法律权利。因此，确认亲子关系是保障非婚生子女权益的重要一步。

2. 主张抚养费：

   • 抚养义务：一旦亲子关系得到确认，无论父母是否结婚，父亲都有义务承担非婚生子女的抚养费。抚养费的具体数额和支付方式，可以根据双方的实际情况和子女的实际需要，由法院进行裁决。
   • 执行措施：若父亲拒绝支付抚养费，小三可以向法院申请强制执行，通过查封、扣押、拍卖财产等措施，确保抚养费的支付。

3. 保护个人隐私与权益：

   • 隐私保护：在处理此类纠纷时，小三应注意保护自己的个人隐私，避免不必要的公开和炒作。同时，也可以寻求法律援助或心理咨询，以应对可能出现的心理压力和负面情绪。
   • 权益维护：小三有权维护自己的合法权益，包括但不限于要求对方承担因怀孕和生育产生的合理费用（如医疗费、营养费等）。这些费用可以通过协商或诉讼的方式解决。

4. 考虑其他法律后果：

   • 道德谴责：虽然法律不直接对“小三”行为进行道德评判，但此类行为可能受到社会舆论的谴责。因此，小三在处理此类纠纷时，应做好心理准备，面对可能的社会压力。
   • 法律责任：若小三在怀孕和生育过程中存在故意隐瞒、欺骗等行为，可能面临一定的法律责任。但这种情况较为特殊，需要具体分析。

行动建议：

• 收集证据：小三应尽可能收集与对方交往的记录、证人证言等证据，以支持自己的主张。
• 咨询律师：在处理此类纠纷时，建议小三咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律后果，以便做出明智的决策。
• 保持冷静：面对此类纠纷，小三应保持冷静和理智，避免情绪化的行为影响问题的解决。

总结：小三在怀孕后对方不承认且拒绝亲子认定的情况下，可以通过法律途径确认亲子关系、主张抚养费、保护个人隐私与权益，并考虑其他可能的法律后果。在处理此类纠纷时，建议小三咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。