公司效益不好离职时扣工资，通常是不合法的，但具体还需分情况讨论：
一、不合法的情况
缺乏合法依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若公司仅以效益不好为由，在员工离职时扣工资，且没有劳动合同或公司规章制度中的明确约定，这种行为是不合法的。
- 实例说明：比如，小张因个人原因提出离职，公司却以效益不好为由，扣除了他一个月的工资作为“补偿”，但小张与公司签订的劳动合同中并未约定此类情况，且公司规章制度中也无相关规定，那么公司的这种行为就是违法的。
违反最低工资标准：
- 即使公司效益不好，员工的工资也不得低于当地的最低工资标准。若扣减工资后导致员工工资低于该标准，则扣减行为不合法。
未遵循法定程序：
- 如果公司是因为经济性裁员等原因需要辞退员工并可能涉及工资调整，那么必须遵循《劳动合同法》第四十一条规定的程序，如提前三十日向工会或全体职工说明情况，听取意见，并将裁减人员方案向劳动行政部门报告等。若未遵循这些程序，扣工资的行为也是不合法的。
二、可能合法的情况（但极为罕见且需严格条件）
- 劳动合同或规章制度中有明确约定：
- 极少数情况下，如果劳动合同或公司合法有效的规章制度中明确约定，在公司效益出现特定情况（如严重亏损）时，员工离职时公司可以按照一定方式扣减工资，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，同时公司能够证明效益不好达到了约定的条件，那么在这种情况下扣工资可能是合法的。但这种情况非常特殊，且需要严格的条件限制。
- 实例说明：比如，某公司与员工签订的劳动合同中约定，若公司连续两年亏损，且员工主动提出离职，公司有权在离职时扣减一定比例的工资作为“风险共担”。若公司确实连续两年亏损，且员工是主动提出离职，同时扣减的比例和方式也符合合同约定，那么这种情况下扣工资可能具有一定的合法性。但即便如此，这种约定也可能因显失公平而面临被撤销的风险。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若公司违法扣工资，员工有权要求公司支付被扣减的工资，并可能要求公司支付经济补偿或赔偿金（具体取决于公司的违法行为性质和员工的诉求）。
建议：
- 对于员工：如果遇到公司效益不好离职时扣工资的情况，首先应查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关约定。如果没有约定或约定不合法，可以向公司提出异议，并要求公司支付被扣减的工资。如果公司拒绝支付，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司：建议公司在制定规章制度和签订劳动合同时，明确工资支付的相关条款，并确保这些条款不违反法律法规的强制性规定。同时，在公司效益不好时，应通过合法途径与员工协商解决工资问题，避免违法扣工资带来的法律风险。
总之，公司效益不好离职时扣工资通常是不合法的。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。