农民工在没有工资单但有系统考勤的情况下，仍可通过多种途径主张工资权益，考勤记录可作为重要证据之一。具体处理方式如下：

1. 固定考勤证据
   系统考勤记录属于电子数据证据，需确保其真实性和完整性。建议通过以下方式固定证据：

   • 截图保存考勤页面（需显示农民工姓名、工号、打卡时间等关键信息）；
     
   • 录制操作视频，展示从登录系统到查看考勤记录的全过程；
     
   • 若系统由用人单位管理，可要求用人单位出具加盖公章的书面考勤记录；
     
   • 联合工友互相作证，形成证人证言链。

2. 收集其他辅助证据
   考勤记录需与其他证据形成完整证据链，例如：

   • 工作证、工服、安全帽等实物证据；
     
   • 微信聊天记录、短信等证明劳动关系及工资约定的电子证据；
     
   • 银行流水（若曾发放过部分工资）；
     
   • 施工日志、验收单等证明实际工作量的材料。

3. 协商与投诉

   • 协商：优先与用人单位协商，明确工资计算方式及支付时间，要求出具书面欠薪证明；
     
   • 投诉：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（需携带身份证、考勤记录等材料），劳动监察部门有权责令用人单位限期支付工资。

4. 申请劳动仲裁
   若投诉未果，可向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张：

   • 支付拖欠工资；
     
   • 支付经济补偿金（若用人单位存在恶意拖欠等情形）；
     
   • 确认劳动关系（若未签订劳动合同）。
     注意：劳动仲裁时效为1年，自知道或应当知道权益受损之日起计算。

5. 法律援助与诉讼

   • 若经济困难，可向当地法律援助中心申请免费法律援助；
     
   • 对仲裁结果不服的，可在15日内向法院提起诉讼。

温馨提示：农民工工资问题涉及民生，国家对此有严格保护。即使没有工资单，只要证据充分，仍可有效维权。建议尽快行动，避免证据灭失或超过时效。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。