结论前置：公司无故或非法扣除劳动者工资是违法的，而合法扣除需基于特定原因、合理数额，并遵循法定程序。具体来说，公司扣工资是否违法，并非单纯取决于扣款金额，而是综合考量扣款原因、程序、数额与比例以及扣款后剩余工资水平等多个因素。
一、扣工资的原因与合法性
合法扣除：
- 用人单位可代扣代缴个人所得税、社会保险费用等法定项目。
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
违法扣除：
- 无故克扣工资，如以工作失误为由但未造成实际损失，或未按照劳动合同约定的时间和方式支付工资，经催要后仍不支付。
- 基于违法的规章制度扣除工资，如迟到一次扣除当月工资的一半，这种规定因显失公平而可能被认定为违法。
- 未履行法定程序直接扣除工资，如未提前告知员工扣款的原因、数额及依据。
二、扣工资的数额与合理性
数额标准：
- 虽然法律未明确规定具体扣款数额界限，但扣款应合理且与员工过错相匹配，不得显失公平。一般来说，克扣工资数额较大，可能指超过劳动者当月工资的20%。
- 基于违法规章制度的扣除，无论金额大小均可能构成违法，因为规章制度本身即违法。
特殊情况：
- 如果公司蓄意拖欠劳动者工资，数额较大且经政府部门责令支付逾期仍未执行，可能构成拒不支付劳动报酬罪。具体数额标准根据法律规定，拒付一位劳动者超三个月工资且金额在五千元至两万元以上，或拒付超十位劳动者工资累计达三万元至十万元以上，视为“数额较大”。
三、扣工资的程序与透明度
- 程序要求：公司扣款前必须提前告知员工扣款的原因、数额及依据，并遵循法定程序进行。这包括但不限于与员工协商、听取员工意见、按照公司规章制度或劳动合同约定进行扣款等。
- 透明度要求：公司应确保扣款过程的透明度，避免暗箱操作或随意扣款。员工有权了解自己的工资构成和扣款情况，公司应提供必要的解释和说明。
四、劳动者的维权途径
若劳动者认为自己的工资被违法克扣，可采取以下措施维护合法权益：
- 协商：首先与公司协商，要求其足额支付工资，并说明扣款的合法性和合理性。
- 投诉：协商不成时，向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 仲裁：申请劳动仲裁，由仲裁机构对争议进行裁决。
- 诉讼：在必要时，可通过法律途径追究公司的法律责任，向法院提起诉讼。
五、总结与建议
公司在对员工进行扣款时，必须综合考虑扣款原因的合理性、扣款数额与比例的合法性、扣款程序的透明度以及扣款后的剩余工资水平。为确保扣款行为合法合规，公司应建立健全的规章制度，明确扣款标准与程序，并加强对员工的沟通与告知。同时，员工也应了解自己的权益，如遇违法扣款行为，应及时通过法律途径维护自己的合法权益。
示例说明：假设某员工月工资为5000元，因工作失误给公司造成了一定损失。公司根据劳动合同约定，要求该员工赔偿经济损失，并每月从其工资中扣除1000元作为赔偿。在此情况下，如果扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准（假设为2000元），且公司已提前告知员工扣款的原因、数额及依据，并遵循了法定程序，则这种扣款行为是合法的。反之，如果公司未履行告知义务或直接扣款，或扣除后的剩余工资低于最低工资标准，则构成违法扣款。