根据《中华人民共和国税收征收管理法》规定，若纳税人未按规定设置、保管账簿或记账凭证，税务机关将按以下方式处理：

1. 责令限期改正
   税务机关首先会向纳税人发出《责令限期改正通知书》，要求其在规定期限内（通常为15日）补建账簿、补记收入支出或提供其他合法有效的凭证。若纳税人为首次违规且情节轻微，改正后可能免于处罚。

2. 核定征收税款
   若纳税人逾期未改正或无法提供完整账簿资料，税务机关有权根据《税收征管法》第三十五条，采用以下方式核定应纳税额：

   • 参照同类行业水平：以当地同行业经营规模、收入水平相似的纳税人的税负率为基准；
     
   • 成本加成法：根据纳税人成本费用，按合理利润率推算收入；
     
   • 其他合理方法：如银行流水分析、资产盘点等。
     核定结果通常对纳税人不利，可能高于实际税负。

3. 行政处罚
   根据《税收征管法》第六十条，未设置账簿或拒不提供纳税资料的，税务机关可处2000元以下罚款；情节严重的（如多次违规、隐匿收入），处2000元至1万元罚款。若涉及偷税，还可能按《刑法》第二百零一条追究刑事责任。

4. 后续监管强化
   被核定征收的纳税人将被列为重点监控对象，税务机关可能要求其按月申报或安装税控装置，并定期核查经营情况。若后续仍不配合，可能面临更严厉的处罚或强制执行措施。

实务建议：

• 纳税人应主动向税务机关说明情况，积极配合补建账簿或提供替代资料（如收据、合同、银行流水等），争取从轻处理；
  
• 若对核定结果有异议，可在收到《税务事项通知书》后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼；
  
• 长期无账簿经营可能涉及税务风险，建议委托专业机构建立合规财务制度，避免后续纠纷。
  

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