结论：换了合同主体但还在一个公司系统内，劳动关系是否终止不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同主体变更与劳动关系终止的关系

• 合同主体变更的本质：合同主体变更通常指用人单位与劳动者签订的劳动合同中，用人单位一方发生变更（如公司名称变更、股权转让、合并分立等）。根据《劳动合同法》第三十三条、第三十四条，用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行；用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
• 劳动关系是否终止：若合同主体变更仅是形式上的（如公司名称变更），且原劳动合同的权利义务由新主体承继，则劳动关系未终止，劳动者与新主体继续履行原劳动合同。但若合同主体变更导致原劳动合同无法继续履行（如原用人单位注销、新用人单位拒绝承继权利义务等），则可能构成劳动关系终止，需依法处理经济补偿等问题。

2. “还在一个公司系统内”的影响

• 公司系统内的关联性：若“还在一个公司系统内”指新合同主体与原用人单位存在关联关系（如母子公司、总分机构等），但法律上为独立主体，则需判断新主体是否愿意承继原劳动合同的权利义务。若承继，劳动关系未终止；若拒绝承继，则可能终止。
• 实际用工关系的连续性：根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），劳动关系的认定需结合实际用工情况。若劳动者仍在原工作岗位、接受原管理、工资由原账户发放等，即使合同主体变更，也可能被认定为劳动关系未终止；反之，若实际用工关系发生根本变化（如工作岗位、管理、工资发放等均由新主体负责），则可能构成新劳动关系。

3. 实务中的常见情形及建议

• 情形一：合同主体变更，劳动关系未终止
  若新主体明确表示承继原劳动合同权利义务，且实际用工关系未发生变化，则劳动关系未终止。建议劳动者与新主体签订书面协议，明确承继关系，避免纠纷。
• 情形二：合同主体变更，劳动关系终止
  若新主体拒绝承继原劳动合同，或实际用工关系发生根本变化（如劳动者被安排至新主体工作、工资由新主体发放等），则可能构成劳动关系终止。此时，劳动者有权要求原用人单位支付经济补偿（若符合《劳动合同法》第四十六条情形），并与新主体协商签订新劳动合同。
• 建议：无论何种情形，劳动者均应保留原劳动合同、工资发放记录、工作证等证据，以证明劳动关系存续或终止的事实。若发生纠纷，可依法申请劳动仲裁，维护自身权益。

4. 法律风险提示

• 未签订书面协议的风险：若合同主体变更后未签订书面协议明确权利义务，可能导致劳动关系认定争议，增加维权成本。
• 经济补偿的遗漏：若劳动关系终止但未依法支付经济补偿，劳动者可要求用人单位支付，但需在仲裁时效内（通常为1年）主张权利。

总结：换了合同主体但还在一个公司系统内，劳动关系是否终止需结合合同主体变更的性质、实际用工关系的连续性等因素综合判断。建议劳动者根据具体情况保留证据，必要时咨询专业律师，依法维护自身权益。