代父母卖房违约金的计算需根据具体合同约定、法律规定及实际损失情况综合判定，具体分析如下：

1. 合同有明确约定时
   若代卖房协议中已明确约定违约金条款（如“逾期办理过户手续，按房屋总价每日0.1%支付违约金”），则优先适用合同约定。但需注意：

   • 违约金调整规则：根据《民法典》第585条，若违约金过分高于实际损失（如约定违约金为房屋总价30%，但实际损失仅5%），法院或仲裁机构可依当事人请求予以减少；若违约金低于实际损失，可请求增加。
     
   • 举证责任：主张调整违约金的一方需提供证据证明实际损失金额（如房屋降价证明、资金占用利息损失等）。

2. 合同无约定或约定不明时
   若协议未约定违约金，则以实际损失为赔偿范围，包括：

   • 直接损失：如因违约导致房屋无法及时出售产生的差价损失、额外支付的税费等；
     
   • 间接损失：如因违约导致买方解约，需返还定金并赔偿买方损失等。
     
   • 计算方式：需通过评估、鉴定或市场对比等方式确定损失金额，例如委托第三方机构对房屋当前市场价值进行评估，与原约定售价的差额即为损失参考。

3. 特殊情形：无权代理的违约责任
   若代卖房行为未经父母明确授权（如仅口头委托或伪造授权文件），可能构成无权代理。此时：

   • 合同效力：根据《民法典》第171条，未经被代理人追认的合同对被代理人不发生效力，由行为人（代理人）承担责任；
     
   • 责任范围：代理人需赔偿相对人（买方）因合同无效产生的损失，包括信赖利益损失（如为购房支付的评估费、中介费等）。

建议行动步骤：

1. 审查合同：核对代卖房协议中的违约金条款及授权文件真实性；
   
2. 固定证据：收集房屋市场价值变化、买方索赔通知等证据；
   
3. 协商或诉讼：优先与对方协商赔偿金额，若无法达成一致，可依据合同约定或实际损失向法院起诉。
   

如有进一步细节（如合同条款、违约情形等），可提供具体信息以便更精准分析。