结论：工人工资卡是否会被冻结，取决于多个因素，包括资金来源的合法性、是否涉及违法犯罪活动以及司法机关的调查和认定等。在您描述的情况下，如果跑分活动本身违法，且老板用违法所得来发放工资，那么这部分资金可能被视为违法所得，进而可能导致工人工资卡被冻结。但具体是否冻结，还需根据司法机关的调查和认定结果来确定。
分析：
资金来源的合法性：
- 如果老板用于发放工资的资金来源于合法的经营活动，那么这部分资金是合法的，工人的工资卡通常不会被冻结。
- 然而，在您描述的情况下，资金来源于“跑分”活动。跑分通常指的是通过非法手段，如利用他人银行卡进行资金转移，以逃避监管或洗钱。这种活动本身是违法的，因此，如果老板用这种违法所得来发放工资，那么这部分资金可能被视为违法所得。
是否涉及违法犯罪活动：
- 如果工人的工资确实来源于违法犯罪活动，如跑分所得，那么这部分资金可能受到司法机关的查封、冻结等措施。
- 司法机关在调查违法犯罪活动时，有权对涉案资金进行冻结，以防止资金被转移或隐匿。
司法机关的调查和认定：
- 司法机关在调查过程中，会收集证据，确定资金来源的合法性以及是否涉及违法犯罪活动。
- 如果司法机关认定工人的工资来源于违法所得，那么可能会对工人的工资卡进行冻结。但这也取决于工人在整个活动中的角色和知情程度。如果工人对资金的违法来源并不知情，且没有参与违法活动，那么他们的工资卡被冻结的可能性会相对较小。
建议：
对于工人：
- 如果您对工资来源的合法性存在疑虑，建议及时与老板沟通，了解资金的具体来源。
- 如果发现工资来源于违法活动，应立即停止接收，并向相关部门报告，以避免涉及法律风险。
- 如果工资卡已被冻结，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及如何解冻工资卡。
对于老板：
- 应确保用于发放工资的资金来源合法，避免使用违法所得来支付工资。
- 如果涉及违法活动，应立即停止，并主动向相关部门投案自首，以减轻法律责任。
法律后果：
- 如果工人因接收违法所得而被冻结工资卡，可能会面临资金无法使用、生活受到困扰等后果。
- 如果老板因使用违法所得支付工资而被追究法律责任，可能会面临罚款、没收违法所得、甚至刑事处罚等后果。
总之，工人工资卡是否会被冻结取决于多个因素。如果您对此存在疑虑或担忧，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。