指定招投标代理公司是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、不合法的情况
违反法律强制规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》的相关规定，对于依法必须进行招标的项目，招标人有权自行选择招标代理机构，但任何单位和个人不得以任何方式为招标人指定招标代理机构。这意味着，如果甲方（招标人）在依法必须招标的项目中，被地方政府部门或其他机构强制要求委托特定的招标代理公司，这种行为将构成违法。
- 举例：某政府部门为扶持本地招标代理公司，强制要求所有招标项目必须由该公司代理，此类行为明显违反了法律规定。
存在利益输送与不正当竞争：
- 若甲方在指定招标代理公司的过程中存在利益输送、权钱交易等违法违规行为，或者这种指定限制了其他招标代理机构的公平竞争，同样是不合法的。
- 举例：甲方与某招标代理公司私下达成不正当协议，通过指定该公司以获取个人利益，这种行为不仅违反了法律，也损害了招标过程的公正性和透明度。
未按规定方式选择代理机构：
- 对于依法必须进行招标的项目，如果甲方未按照法律法规规定的公开招标、邀请招标等方式选择招标代理机构，而是直接指定，这也是不合法的。
二、合法的情况
招标人自主选择：
- 在非依法必须招标的项目中，甲方有权基于业务能力、信誉、过往业绩等因素，自主决定委托哪家招标代理公司进行招标工作。
- 举例：甲方因之前与某招标代理公司合作愉快，决定在新的项目中继续委托该公司，这是完全合法的。
特殊项目的特殊要求：
- 对于某些专业性强、复杂度高的特殊项目，可能只有少数几家招标代理公司具备相应的专业能力和经验。在这种情况下，甲方经过严格筛选和评估后指定符合要求的代理公司，是合理且合法的。
- 举例：在高科技或特种行业的招标项目中，甲方为确保招标工作的顺利进行和项目质量，可能会指定具有丰富经验和专业人员的特定招标代理公司。
遵循法定程序：
- 即使是非依法必须招标的项目，甲方在指定招标代理机构时也应遵循相关法律法规和规定，如通过比选、竞争性谈判等方式进行选择，并签订详细的委托代理合同，确保整个过程的合法性和合规性。
三、法律建议
- 明确项目性质：甲方应首先明确招标项目是否属于依法必须招标的范畴，以确定在选择招标代理机构时是否受到法律强制规定的限制。
- 遵循法定程序：无论项目性质如何，甲方在选择招标代理机构时都应遵循相关法律法规和规定，确保整个过程的合法性和合规性。
- 加强监督与评估：在合作过程中，甲方应与招标代理机构保持密切沟通，定期对其工作进行监督和评估，确保其按照合同约定履行义务，保障项目的顺利进行。
总结来说，指定招投标代理公司的合法性取决于项目的性质、招标人的选择方式以及是否遵循了相关法律法规。在实际操作中，甲方应充分了解并遵守相关规定，以确保招标过程的公正、公平和合法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。