结论前置：关于迟到早退扣工资的问题，用人单位可以依据合法制定的规章制度对迟到早退的员工进行扣款，但扣款必须合法合理，且不得超过法定限制。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律法规依据
《劳动法》相关规定：
- 《劳动法》明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。但劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，该赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，不过每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。虽然此条款未直接针对迟到早退扣工资作出规定，但为相关扣款提供了法律边界。
《工资支付暂行规定》相关规定：
- 《工资支付暂行规定》第十六条指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。这为迟到早退可能导致的工资扣除提供了一定的法律依据，即如果迟到早退给单位造成了经济损失，单位可以按照规定进行扣款。
二、常见扣工资方式及示例
固定金额扣款：
- 每次迟到或早退扣除一个固定的金额，这种方式简单明了，便于操作。例如，公司规定每次迟到15分钟以内，扣除30元；迟到超过15分钟但在30分钟以内，扣除60元。员工小李本月迟到了3次，每次均在15分钟以内，那么他本月因迟到被扣除的工资就是90元（30×3）。
按时间比例扣款：
- 根据迟到或早退的时长占正常工作时间的比例来计算扣款金额。例如，某员工日薪为200元，每天工作8小时，每小时工资约为25元（200÷8）。如果该员工当天迟到1小时，那么就可以扣除他当天约25元的工资。
累计次数扣款：
- 设定一个迟到早退的次数阈值，达到该阈值后进行相应金额的扣款，或者达到一定次数后采取更严厉的处罚措施，如警告、记过等。例如，公司规定一个月内迟到早退累计达到3次的，从第4次开始每次扣除100元。小张本月前3次迟到早退未扣款，但从第4次起，每次都要被扣除100元。
全勤奖励扣除：
- 不直接对迟到早退行为进行罚款，而是设立全勤奖，只要员工在一个月内没有迟到早退记录，就可以获得一定金额的奖励；反之，若有迟到早退情况，则取消全勤奖。例如，公司设立了每月300元的全勤奖。小王本月因为有一次迟到记录，就无法获得这300元的全勤奖。
三、制定和执行注意事项
制度合法性：
- 用人单位制定的迟到早退扣工资制度必须符合法律规定，不能随意克扣员工工资。例如，不能将迟到几分钟就扣除大量工资，导致员工实际收入过低。
制度合理性：
- 扣款标准应合理且具有可操作性，要考虑到员工的实际情况和承受能力。比如，对于因不可抗力因素（如交通拥堵、突发疾病等）导致的迟到早退，可以适当人性化处理，不完全按照制度进行扣款。
制度公示性：
- 用人单位应当将迟到早退扣工资的制度明确告知员工，可以通过员工手册、劳动合同附件等方式让员工知晓并签字确认。这样在执行扣款时才能有充分的依据，避免引发劳动争议。
四、员工权益保障
合法权益：
- 用人单位在制定和执行相关规章制度时，应遵循公平、公正、合理的原则，确保员工的合法权益不受侵犯。员工对迟到早退的处罚有异议时，有权通过与用人单位沟通、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
申诉渠道：
- 员工应了解并利用合法的申诉渠道，对不当处罚提出异议。用人单位也应建立有效的沟通机制，听取员工的意见和申诉，确保处理的公正性。
总结与建议：作为员工，应自觉遵守公司的规章制度，按时上下班，避免迟到早退。如果因特殊原因导致迟到早退，应及时与用人单位沟通并说明情况。作为用人单位，应依法制定合理的规章制度，并确保制度的公示性和执行性。在处理迟到早退问题时，应保障员工的合法权益，避免过度处罚或违法处罚。如果你在处理迟到早退扣工资问题上遇到任何疑问或纠纷，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。