结论：迟到一个半小时扣两天工资的行为，其合法性需根据具体情况判断。若用人单位有合法且合理的规章制度作为依据，并经过民主程序制定及公示，则可能具有法律效力；但多数情况下，这种扣罚行为很可能违法，劳动者有权维护自己的合法权益。
法律背景与合理性分析
法律原则：
- 根据我国《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者劳动报酬权益的基本法律原则。
惩罚与行为的对等性：
- 迟到一个半小时，虽然违反了用人单位的考勤制度，但通常只是短暂影响工作时间。而扣除两天工资，则意味着劳动者两天的劳动未获得报酬，这在惩罚力度上显然不成比例，违背了公平合理原则。
规章制度的重要性与合法性：
- 用人单位若希望对迟到行为进行扣罚，必须确保有相关规章制度作为依据。这些制度应经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向劳动者公示或告知。
- 即便用人单位有规章制度，其内容也必须合法、合理。例如，扣罚金额应适度，不能过分损害劳动者的权益。迟到一个半小时扣两天工资的规定，在多数情况下很难被认定为合理适度。
不同情况下的解答
合法规章制度下的扣罚：
- 若用人单位的规章制度符合上述要求，且明确规定了迟到一个半小时扣两天工资的内容，那么该扣罚行为可能具有法律效力。但劳动者仍有权对规章制度的合理性提出质疑，并通过合法途径寻求解决，如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
无规章制度或规章制度不合法的扣罚：
- 若用人单位没有相关规章制度，或规章制度本身不合法（如未经民主程序制定、内容不合理等），则迟到一个半小时扣两天工资的行为属于违法行为。
- 劳动者可以通过与用人单位协商解决，或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
维权建议
- 保留证据：在整个过程中，保留好相关证据（如劳动合同、规章制度、工资单、考勤记录等）至关重要，以便在需要时提供证明。
- 协商解决：若认为用人单位的扣罚行为不合理或违法，应首先尝试与用人单位进行协商解决。
- 投诉与仲裁：协商不成时，可以及时向当地劳动监察部门投诉，或依法申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 若用人单位的扣罚行为被认定为违法，劳动保障行政部门将责令其限期支付劳动者的工资报酬，并可能加付赔偿金。
- 劳动者还有权要求用人单位支付因扣罚工资而造成的其他损失，如误工费、交通费等（具体需根据实际情况判断）。
作为劳动者，若遇到类似情况，应首先了解自己的权益和用人单位的规章制度，然后根据实际情况采取合适的维权措施。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。