关于您提出的“灵活办公周末加班是否可以调休以及是否合法”的问题，以下是我的详细解答：

首先，要明确的是，周末加班时，劳动者确实有权要求调休。这一权利是受到《中华人民共和国劳动法》及相关规定的明确保护的。具体来说，当用人单位在休息日（通常是周末）安排劳动者加班时，应遵循以下原则：

1. 调休优先：

   • 用人单位应首先考虑为劳动者安排补休，也就是调休，以补偿劳动者在休息日的工作。调休的时间应该与加班的时间相等，确保劳动者的休息权益得到充分保障。

2. 支付加班费：

   • 如果用人单位因为各种原因无法安排调休，那么就需要向劳动者支付加班费。根据法律规定，这个加班费的标准是不低于劳动者工资的百分之二百。

接下来，我们根据不同的工时制度来具体分析调休和加班费的规定：

• 标准工时制度：

  • 在这种制度下，周末加班是可以用等时的工作日进行调休的。如果无法调休，企业就需要按照最低2倍工资的标准来计发加班费。

• 综合工时制度：

  • 在这种制度下，无论是周末加班还是工作日加点，都可以在周期内进行调休。计算的是周期内的总工作时间，如果超过了法定工作时间，就需要支付加班费，且这个加班费的标准不得低于1.5倍工资。

• 不定时工时制度：

  • 这种制度不以“时间”作为计算劳动成果的标准，因此不存在“调休”的问题，也不算加班（除法定假日外），所以无需支付加班费。但需要注意的是，灵活办公如果采用的是不定时工时制度，并且已经得到了劳动行政部门的批准，那么周末加班确实不适用调休和加班费的规定。不过，这种情况相对较少，且需要明确的批准和合同约定。

针对灵活办公的特殊情况： 灵活办公本身并不改变工时制度的本质，只是工作地点的灵活安排。因此，除非特别约定采用不定时工时制度并获得批准，否则灵活办公下的周末加班仍然适用上述调休和加班费的规定。

总结与建议： 周末加班调休是劳动者的合法权利，用人单位应尊重并保障这一权利。如果用人单位拒绝合理的调休要求，又不依法支付加班费，劳动者可以通过与单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等合法途径来维护自身权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。