您好，关于您提出的“一栋楼消防系统有两套是否合法”的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”的判断，而是需要结合具体情况和相关法规来综合分析。

首先，我们要明确的是，消防系统的设计和安装必须严格遵守国家相关的消防法规和标准，如《建设工程消防设计审查验收管理暂行规定》等。这些法规和标准对消防系统的配置、性能、安装等方面都有明确的规定，旨在确保消防系统能够在火灾发生时有效发挥作用，保障人员生命安全和财产安全。

对于一栋楼是否可以设置两套消防系统，这主要取决于该建筑的规模、用途、结构特点以及消防安全需求等因素。在某些特殊情况下，如建筑规模庞大、功能复杂，或者存在特殊的消防安全风险时，设置两套或更多套的消防系统可能是必要的，也是合理的。这种情况下，两套消防系统可能分别负责不同的区域或功能，或者作为备用系统以确保在主系统出现故障时能够迅速切换，从而保障消防安全。

然而，如果一栋楼在没有特殊需求的情况下设置了两套消防系统，且这两套系统存在功能重复、资源浪费或者管理混乱等问题，那么这种做法可能就不符合消防法规和标准的要求，也不利于消防安全的保障。

因此，要判断一栋楼设置两套消防系统是否合法，需要具体分析该建筑的消防安全需求、消防系统的配置和性能以及是否符合相关法规和标准的要求。如果您对某栋楼的消防系统配置存在疑问或担忧，建议您向当地的消防部门或相关机构进行咨询和了解，他们可以根据具体情况给出专业的意见和建议。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。