两个高校科研院所二级机构（非独立法人）之间签署的协议，在符合法定条件时具备法律效力。以下从不同角度进行详细分析：

一、法律效力的基本前提

1. 主体资格：

   • 非独立法人的二级机构虽不具备独立承担民事责任的能力，但若其以所属法人（如高校或科研院所）的名义签署协议，且协议内容在其权限范围内，则协议对所属法人具有约束力。
   • 若二级机构以自身名义签署协议，且未经所属法人授权或追认，则协议可能因主体不适格而无效。但若协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方已实际履行，可能构成表见代理或事实合同关系，仍可能被认定为有效。

2. 协议内容：

   • 协议内容必须合法、合规，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害社会公共利益或他人合法权益。
   • 协议内容应明确、具体，包括双方的权利义务、履行方式、违约责任等条款，以确保协议的可执行性。

3. 形式要件：

   • 根据《民法典》的相关规定，某些类型的合同（如涉及不动产转让、知识产权转让等）可能需要采用书面形式或履行特定程序（如登记、备案等）才能生效。
   • 对于一般合同，虽未强制要求书面形式，但书面协议更有利于证明双方的真实意思表示和协议内容，减少纠纷风险。

二、可能影响法律效力的因素

1. 内部授权与追认：

   • 若二级机构签署协议时未经所属法人明确授权，但事后得到所属法人的追认，则协议对所属法人具有约束力。
   • 若所属法人明确表示拒绝追认，则协议对所属法人不产生法律效力，但可能对签署协议的二级机构及其负责人产生内部责任。

2. 表见代理与事实合同关系：

   • 若二级机构以自身名义签署协议，且相对方有理由相信其有权代表所属法人签署协议（如二级机构长期以所属法人名义从事类似活动、所属法人未提出异议等），则可能构成表见代理，协议对所属法人具有约束力。
   • 若双方虽未签署书面协议，但已实际履行合同义务（如交付货物、支付款项等），则可能构成事实合同关系，协议仍可能被认定为有效。

3. 协议履行与违约责任：

   • 即使协议具备法律效力，若一方未履行或未完全履行协议义务，仍需承担违约责任。
   • 违约责任的承担方式包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等，具体取决于协议约定和法律规定。

三、法律建议

1. 明确签署主体：

   • 在签署协议时，应明确签署主体是二级机构还是其所属法人，并确保签署主体具备相应的权限和资格。

2. 完善内部授权程序：

   • 若二级机构需以所属法人名义签署协议，应事先获得所属法人的明确授权，并保留授权文件作为证据。

3. 注重协议形式与内容：

   • 协议应采用书面形式，并明确、具体地约定双方的权利义务、履行方式、违约责任等条款。
   • 协议内容应合法、合规，不得违反法律、行政法规的强制性规定。

4. 及时履行与留存证据：

   • 双方应按照协议约定及时履行义务，并留存相关证据（如交付凭证、支付记录等）以证明协议的实际履行情况。

如有具体协议内容或签署过程中的疑问，可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你提供更详细的法律分析。