针对您提出的“门诊开假条公司不承认是否违法”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们要明确的是，健康权是劳动者重要的基本权利，用人单位应当予以充分保障。当劳动者患病时，他们享有就医治疗及休息休假的权利，这是法律所赋予的，用人单位不得无故阻碍或限制。

在实际操作中，用人单位为了加强病休假管理，有时会要求劳动者到指定医院就诊检查，这主要是为了防止劳动者弄虚作假“泡病假”。然而，对于劳动者提供的非单位指定就诊医院出具的真实有效就诊资料及医生开具的病休证明，用人单位应当审慎审查判别。在没有证据证明就诊资料及病休证明为虚假或伪造的情况下，用人单位应当给予批准休假。

现在，我们回到您提出的具体问题。如果您已经按照正规流程在门诊开具了假条，并且这个假条是真实有效的，那么公司无权无故不承认。如果公司仅以假条非指定医院开具为由而不予准假，甚至以违纪为由解除劳动合同，这种做法可能是违法的。

以具体案例为例，有劳动者因病申请休病假并提交了医疗机构出具的有效诊疗资料及主治医生开具的“病假证明书”，但公司仅以该资料与指定医院复查结果不相符为由不予批准病假，并将已休病假期间作为旷工处理。最终，法院认定公司构成违法解除劳动合同，并判决公司支付赔偿金。

因此，如果您的门诊假条是真实有效的，而公司不承认并因此对您进行不公正处理，您有权通过法律途径维护自己的合法权益。您可以先与公司进行沟通协商，如果无法达成一致，可以向劳动仲裁机构申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。

总之，用人单位在处理劳动者病假申请时，应当遵循法律法规，尊重劳动者的健康权和休息休假权，不得无故拒绝或限制。希望我的解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时告诉我。