结论：宅基地以后归属儿子的协议书，仅父亲按手印签字而母亲没签字，该协议书的效力可能存在问题，不一定完全算数。具体是否有效，需结合协议内容、家庭情况以及相关法律规定综合判断。
分析说明：
协议书的基本生效要件：
- 协议书作为民事法律行为的一种，其生效通常需要满足几个基本条件：行为人具有相应的民事行为能力；意思表示真实；不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 在宅基地归属的协议中，由于宅基地通常属于家庭共有财产（在农村，宅基地往往以家庭为单位申请和使用），因此，协议的签订应当反映家庭成员的共同意愿。
母亲未签字的影响：
- 如果宅基地是父母共同所有，或者母亲作为家庭成员对宅基地有共同的使用权或权益，那么母亲未在协议书上签字可能意味着该协议未得到所有相关权益人的同意。
- 在这种情况下，协议书可能因缺乏必要的共同意思表示而无效，或者至少在母亲提出异议时，其效力会受到质疑。
特殊情况考虑：
- 如果父亲能够证明母亲已经以其他方式（如口头同意、行为表示等）表达了对协议内容的认可，或者母亲在事后追认了该协议，那么协议书可能仍然有效。
- 另外，如果宅基地完全属于父亲个人所有（这种情况在农村较为少见，因为宅基地通常以家庭为单位申请），且母亲对宅基地没有权益，那么父亲签字可能足以使协议生效。但即便如此，从家庭和谐和避免未来纠纷的角度出发，最好还是让所有家庭成员都签字确认。
法律建议：
- 为了确保协议书的法律效力，建议让所有相关权益人（包括父母和可能的子女等家庭成员）都在协议书上签字确认。
- 如果母亲因故无法签字，可以考虑通过其他方式（如公证、录音录像等）记录其同意协议内容的证据。
- 在签订协议前，最好咨询专业律师的意见，以确保协议内容合法、有效且符合家庭实际情况。
后续行动建议：
- 如果您已经签订了这样的协议书，但母亲未签字，且母亲现在对协议内容提出异议，建议您尽快与母亲沟通协商，寻求共识。
- 如果协商无果，且您认为协议内容对您有利且合法，可以考虑通过法律途径解决纠纷。但在此之前，请务必咨询专业律师的意见，以评估胜诉的可能性和风险。
特殊场景提醒：
- 在农村地区，宅基地的归属和使用往往受到地方性法规和政策的影响。因此，在处理宅基地相关问题时，除了考虑国家层面的法律规定外，还需要了解并遵守当地的具体规定。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。