结论：保护农田能否建养殖场，需根据土地类型（基本农田或一般农田）及当地政策规定来判断，并需依法依规办理相关审批和备案手续。

一、基本农田上的养殖场建设

1. 严格禁止：

   • 根据《基本农田保护条例》及相关法律规定，基本农田受到严格保护，主要用于种植业生产，如粮、棉、油、蔬菜等。禁止任何单位和个人在基本农田保护区内进行破坏基本农田的活动，包括建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或进行其他破坏基本农田的活动，养殖活动被视为改变基本农田用途的行为，因此不允许在基本农田上建设养殖场。

2. 法律后果：

   • 若未经特殊审批，在基本农田上建设养殖场，将面临责令限期改正、恢复土地原状及罚款等处罚，甚至可能承担刑事责任。

二、一般农田上的养殖场建设

1. 有条件允许：

   • 对于一般农田，在满足一定条件的情况下可以用于建设养殖场。这些条件包括但不限于：
     • 符合规划要求：养殖场的建设必须符合当地的土地利用总体规划和畜禽养殖规划。若当地已规划专门的畜禽养殖区域，应优先在该区域内选址建设。
     • 办理用地手续：经营者需与农村集体经济组织签订用地协议，涉及土地承包经营权流转的，还需与承包农户签订流转合同。养殖设施建设占用农用地的，虽不需办理农用地转用审批手续，但应签订复垦保证书，确保不破坏耕作层。若涉及少量永久基本农田确实难以避让，允许使用但必须补划。
     • 环保评估与污染防治：养殖场建设和运营需符合环保要求，避免环境污染。建设前应进行环境影响评价，并根据评价结果建设相应的污染防治设施，如污水处理设施、粪便处理设施等。
     • 取得相关证照：养殖场需按照规定办理动物防疫条件合格证、营业执照等相关证照，确保合法运营。

2. 审批流程：

   • 养殖户需向乡镇政府或县级农业农村部门进行设施农业用地备案，提交设施建设方案、用地协议等相关材料。
   • 根据养殖场规模和性质，可能需进行环境影响评价，包括编制环境影响报告书、报告表或登记备案。

3. 法律后果：

   • 若未经审批擅自占用一般农田建设养殖场，属于违法行为，将面临责令限期改正、恢复土地原状及罚款等处罚。

三、综合建议

1. 确认土地性质：

   • 在决定建设养殖场前，务必先确认农田的性质（是否为基本农田），可通过查询当地土地利用总体规划或咨询相关部门来确认。

2. 了解当地政策：

   • 不同地区对养殖场建设的政策规定可能有所不同，因此需了解当地的具体政策要求，特别是关于土地性质、规划限制、环保标准、防疫条件等方面的规定。

3. 办理审批手续：

   • 确保所有审批手续完备，包括用地协议、复垦保证书、环境影响评价、动物防疫条件合格证等，避免因违法违规而导致法律风险和经济损失。

4. 注重环保和防疫：

   • 养殖场建设和运营需符合环保和防疫要求，配套建设污染防治设施和防疫设施，确保不对周边环境造成污染和传播疾病。

总结：保护农田能否建养殖场，需根据土地类型和当地政策规定来判断。在任何情况下，都需严格遵守土地管理法规，依法依规办理相关手续，确保养殖场的合法性和可持续性。若您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。