结论：非农业的耕地被村里流转是否违法，需根据具体情况判断，主要看流转行为是否符合相关法律法规的规定以及流转程序是否合法。以下从几个方面进行详细分析：
一、流转行为的合法性基础
土地性质与用途：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，土地分为农用地、建设用地和未利用地。耕地属于农用地，其用途受到严格限制，主要用于农业生产。
- 如果流转行为改变了耕地的农业用途，例如将耕地转为建设用地或进行其他非农业活动，那么这种流转行为通常是违法的，除非已经依法办理了土地用途变更手续。
流转主体与权限：
- 流转主体应具有合法的土地使用权或经营权。在农村，土地通常属于集体所有，农民个人或集体经济组织可以依法承包或租赁土地进行农业生产。
- 如果流转行为是由未经授权的主体（如非土地使用权人或经营权人）进行的，或者流转行为超出了土地使用权或经营权的范围，那么这种流转行为也是违法的。
二、流转程序的合法性
民主议定程序：
- 根据相关法律法规，农村土地流转通常需要经过民主议定程序，即需要经过村民会议或村民代表会议的讨论和同意。
- 如果流转行为未经民主议定程序，或者民主议定程序存在瑕疵（如未达到法定人数、未依法表决等），那么这种流转行为可能因程序违法而无效。
合同签订与备案：
- 流转行为应当签订书面合同，明确双方的权利和义务。合同内容应合法、合规，不得违反法律法规的强制性规定。
- 某些情况下，流转合同还需要向相关部门进行备案或审批。如果未签订书面合同或未履行备案、审批手续，流转行为可能因程序不合法而面临风险。
三、具体案例分析
- 案例一：如果村里将非农业的耕地流转给某企业用于建设工厂，且未依法办理土地用途变更手续和民主议定程序，那么这种流转行为是违法的。
- 案例二：如果村里将非农业的耕地流转给本村村民用于农业生产，且流转行为经过了民主议定程序、签订了书面合同并履行了相关备案手续，那么这种流转行为是合法的。
四、法律建议
- 核实土地性质与用途：在流转前，应核实土地的性质和用途，确保流转行为不改变土地的农业用途或未经依法批准改变用途。
- 遵循民主议定程序：流转行为应经过村民会议或村民代表会议的讨论和同意，确保流转程序的合法性。
- 签订书面合同并备案：流转双方应签订书面合同，明确双方的权利和义务，并按照相关规定履行备案或审批手续。
总结：非农业的耕地被村里流转是否违法，需根据具体情况判断。在流转过程中，应严格遵守相关法律法规的规定和流转程序的要求，确保流转行为的合法性和有效性。如果您对具体的流转行为存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。