在处理调查不清楚的行政案件时，我们主要遵循的是法律程序和举证责任分配的原则，以确保案件的公正、效率和权威。以下是对这一问题的详细解答：
一、行政案件中的举证责任分配
在行政诉讼中，举证责任是一个核心问题。一般来说，被告（即行政机关）承担主要的举证责任。这意味着行政机关需要提供作出行政行为的证据和所依据的规范性文件，以证明其行政行为的合法性。如果行政机关无法提供充分的证据来支持其行政行为，那么法院将有可能判决撤销或部分撤销该行政行为。
与此同时，原告（即提起行政诉讼的公民、法人或其他组织）也有一定的举证责任。例如，原告需要证明其起诉符合法定条件，如起诉期限、管辖法院等。但总体来说，与行政机关相比，原告的举证责任相对较轻。
二、案件事实查不清时的处理方式
尽力调查和收集证据： 在行政案件中，如果案件事实存在疑问或难以查清，法院和双方当事人都会尽力调查和收集证据。这包括要求行政机关补充提供证据、对现有证据进行质证和认证等。
合理分配举证责任： 如前所述，行政诉讼中举证责任主要分配给行政机关。如果行政机关无法履行其主要举证责任，即无法证明其行政行为的合法性，那么法院将倾向于作出不利于行政机关的判决。
法院裁决： 在案件事实查不清的情况下，法院会根据现有证据和举证责任分配原则作出裁决。如果行政机关无法提供充分证据支持其行政行为，法院可能会判决撤销或部分撤销该行政行为，并可能要求行政机关重新作出行政行为或承担其他法律责任。
三、特殊情况下的处理
在某些特殊情况下，如涉及国家秘密、个人隐私或商业秘密等，调查和收集证据可能会受到一定限制。在这种情况下，法院会根据相关法律法规和程序规定，采取适当的措施来保护相关权益，并尽可能查明案件事实。
四、保障公民、法人和其他组织的合法权益
在处理调查不清楚的行政案件时，法院始终将保障公民、法人和其他组织的合法权益放在首位。如果行政机关的行政行为存在违法或不当之处，且无法提供充分证据证明其合法性，那么法院将依法作出裁决，以维护公民、法人和其他组织的合法权益。
综上所述，对于调查不清楚的行政案件，我们会严格遵循法律程序和举证责任分配的原则进行处理。通过尽力调查和收集证据、合理分配举证责任、依法作出裁决等方式，确保案件的公正、效率和权威，并保障公民、法人和其他组织的合法权益。