综合工时制下，年休假不应算作工时。以下是从多个角度进行的详细分析：
一、法律层面分析
年休假的性质：
- 根据《职工带薪年休假条例》，年休假是劳动者依法享有的休息休假权利，旨在保障劳动者在连续工作一定时间后能够有时间休息和放松。年休假期间，劳动者虽未实际提供劳动，但依法享有与正常工作期间相同的工资收入，这体现了对劳动者休息权的尊重和保护。
综合工时制的特点：
- 综合工时制以一定周期（如周、月、季、年）为单位综合计算工作时间，允许在周期内灵活安排工作时间，但平均日、周工作时间需与法定标准基本相同。其核心是“综合计算”，而非突破法定工时上限。
不计入工时的依据：
- 年休假作为法定休息权益，其本质是让劳动者脱离工作状态。若将年休假计入工时，既违背立法初衷，也可能导致劳动者实际休息时间被压缩，损害其健康权。因此，法律明确规定年休假期间工资照发，但工时不予计算。
二、实际操作中的考量
工资支付：
- 劳动者在年休假期间享有带薪待遇，用人单位需按正常工作期间的工资标准支付报酬。这一规定确保了劳动者经济利益不受影响，同时强化了年休假作为休息权益的实质性保障。
工时统计与管理：
- 用人单位在统计工时时，应将年休假与正常工作时间、加班时间等明确区分。例如，在考勤系统中单独标注年休假状态，避免将休息时间误计入工时考核，从而引发劳动争议。
工作与休息的平衡：
- 用人单位需合理规划工作任务，避免因追求效率而剥夺劳动者年休假。例如，通过轮休制度、任务分解等方式，确保劳动者在综合计算周期内既能完成工作目标，又能享受法定休息时间。
三、特殊情形下的处理
未休年休假的补偿：
- 若用人单位未安排年休假或安排天数不足，需按日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬。这一规定进一步体现了法律对劳动者休息权的倾斜保护。
综合工时制与年休假的衔接：
- 即使劳动者在综合工时制下存在加班情形，年休假仍独立于加班时间计算。例如，某劳动者在季度内累计工作500小时（法定标准为504小时），其年休假天数不受影响，且休假期间工时不予扣除。
四、建议与风险提示
对用人单位的建议：
- 完善年休假管理制度，明确申请、审批流程，并通过培训确保管理人员知晓年休假不计入工时的规则。
- 定期审计工时记录，避免因统计错误导致法律风险。例如，某企业因将年休假计入工时，被劳动监察部门责令补发工资并支付赔偿金。
对劳动者的提示：
- 保留年休假申请及审批记录，作为维权证据。若用人单位拒绝安排年休假或克扣工资，可向劳动仲裁机构申请仲裁。
- 了解自身累计工作年限对应的年休假天数，避免因信息不对称导致权益受损。
总结：综合工时制下，年休假作为法定休息权益，其时间不计入工时考核，但工资需正常支付。用人单位应严格遵守这一规则，劳动者亦需主动维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。