作为实际施工人在面临挂靠单位注销，且需要要回工程款的情况下，确实需要采取一系列合法且有效的措施。以下是我为您详细梳理的步骤和建议：
一、明确法律关系与证据收集
确认合同与实际施工关系：
- 您需要首先明确自己与被挂靠单位（现已注销）以及发包方之间的法律关系。尽管挂靠行为在法律上可能存在风险，但您作为实际施工人，有权基于实际完成的工程量来主张工程款。
- 审查您与被挂靠单位签订的挂靠协议（如果存在），以及以被挂靠单位名义与发包方签订的建设工程施工合同，以了解各方的权利和义务。
全面收集证据：
- 收集所有能证明您是实际施工人的证据，包括但不限于施工过程中的签证单、验收报告、工程结算单等。
- 保留与被挂靠单位的往来函件、付款记录等，这些能证明双方之间的挂靠关系及资金往来情况。
- 如果可能，收集发包方知晓并认可您挂靠关系的证据，这将增强您主张的合理性。
二、尝试协商与调解
友好协商：
- 在发现工程款支付问题后，首先尝试与被挂靠单位的原负责人（如果可能）和发包方进行协商，寻求友好解决的方式。
- 提出合理的还款计划或解决方案，并争取达成书面协议，明确还款时间、方式等细节。
申请调解：
- 如果协商无果，可以考虑向相关行业协会、建设主管部门或专业调解机构申请调解。
- 在调解过程中，保持冷静和理性，积极提供证据支持自己的主张。
三、通过法律途径维权
提起诉讼：
- 若协商和调解均无法解决问题，您有权向人民法院提起诉讼，要求被挂靠单位的原股东（如果公司注销后仍有未了结的债务）和/或发包方支付工程款。
- 在诉讼过程中，充分阐述自己的实际施工人身份和工程款主张的依据，并提供充分的证据支持。
- 根据相关法律规定，您作为实际施工人，有权突破合同的相对性原理，直接向发包人主张权利。
注意诉讼时效：
- 在主张工程款时，务必注意诉讼时效的问题。一般来说，民事权利的诉讼时效为三年，从知道或者应当知道权利受到损害之日起计算。
- 因此，请及时行使自己的权利，避免超过诉讼时效而丧失胜诉权。
考虑执行问题：
- 在获得胜诉判决后，如果被告方拒不履行判决义务，您可以向人民法院申请强制执行。
- 执行过程中，积极配合法院的工作，提供被执行人的财产线索等信息，以便法院及时采取有效的执行措施。
四、风险防范与未来合规经营
增强法律意识：
- 在未来的经营活动中，务必增强自身的法律意识，了解相关法律法规和政策规定，避免因违法违规行为而导致工程款回收困难。
规范挂靠或合作行为：
- 如果未来仍需选择挂靠或合作方式，请谨慎审查合作方的资质和信誉状况，确保行为的合法性和安全性。
- 签订规范的合作协议，明确双方的权利义务和责任分担。
加强工程管理：
- 在施工过程中，加强工程管理，确保工程质量符合合同约定和相关标准。
- 及时办理工程验收和结算手续，为后续的工程款回收工作奠定坚实基础。
希望以上建议能对您有所帮助。在处理此类复杂问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律指导。