在股东所有权确认纠纷（通常也称为股东资格确认纠纷）中，关于被告的确定，这是一个核心且复杂的问题，但我们可以根据相关法律法规和司法实践，给出明确的解答。
一般原则：公司为被告
- 法律依据：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》第二十一条的规定，当事人向人民法院起诉请求确认其股东资格的，应当以公司为被告。这是因为股东资格是相对于公司而言的，股东资格及股东权利主要在公司内部的运营和管理中具有实际意义。
- 实践应用：在大多数情况下，如果股东与公司之间就股东资格存在争议，如公司拒绝承认股东的合法身份或不允许其行使股东权利，那么公司应当作为被告。
特殊情形：其他股东或第三方可能作为被告或第三人
- 股东间争议：如果争议主要发生在股东之间，如股权归属、股权转让等，且不涉及公司对股东资格的态度，那么可以将争议的相对方股东列为被告。但在此类情况下，若公司的决策、管理或股权结构因此受到影响，或者公司掌握有关键证据，公司仍应被列为被告或第三人，以确保案件的全面审理。
- 涉及第三方：在极少数情况下，如果第三方机构或个人（如股权托管机构、中介、审计机构等）与股东身份的确认有直接利害关系，如因其过错导致股东身份混淆、股权登记错误等，该第三方也可能被列为被告。同时，与案件争议股权有利害关系的人，如隐名股东的挂名股东等，可以作为第三人参加诉讼。
法律建议：
- 在提起股东资格确认纠纷诉讼前，建议详细分析案件的具体情况和诉讼目标，明确争议的焦点和涉及的利益方。
- 准备充分的证据材料，包括但不限于公司章程、股东名册、工商登记、出资证明、股权转让协议等，以支持自己的诉讼请求。
- 考虑到股东资格确认纠纷的复杂性和专业性，建议咨询并委托专业律师代理诉讼，以确保诉讼的有效性和成功率。
可能法律后果：
- 如果法院最终确认原告具有股东资格，那么原告将有权行使股东权利，包括但不限于参与公司决策、分配利润等。
- 如果法院驳回原告的诉讼请求，那么原告将无法行使股东权利，且可能面临因诉讼产生的费用损失。
综上所述，股东所有权确认纠纷中的被告确定需根据具体情形来判断，但一般原则是以公司为被告。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。