当保护动物毁坏庄稼时，受损者有权向当地人民政府申请行政补偿。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国野生动物保护法》第十九条：
- 该条款明确规定，因保护本法规定保护的野生动物，造成人员伤亡、农作物或其他财产损失的，由当地人民政府给予补偿。具体办法由省、自治区、直辖市人民政府制定。
《中华人民共和国陆生野生动物保护实施条例》第十条：
- 条例指出，在保护国家和地方重点保护野生动物过程中受到损失的单位和个人，有权向所在地野生动物行政主管部门提出补偿请求。经调查属实并确实需要补偿的，由当地人民政府按照省、自治区、直辖市人民政府的有关规定给予补偿。
二、补偿流程
及时报案与提出补偿要求：
- 发现庄稼被野生动物毁坏后，受损者应尽快向当地林业部门或相关野生动物保护管理机构报告，并明确提出补偿请求。请求中应详细说明损失情况，包括受损庄稼的种类、面积、预估损失，并提供相关证据（如照片、视频、土地承包证明等）。
现场勘查与审批：
- 相关部门接到报案和补偿请求后，会安排工作人员进行现场勘查，核实损失情况，确保请求的真实性。这一步骤涉及对损害程度的专业评估。
审核与评估：
- 行政部门会对提交的申请材料进行审核，并对损失进行进一步评估。评估过程可能包括专业人员对庄稼损失价值的估算。
补偿发放：
- 经过审核和评估，如果符合补偿条件，当地人民政府将按照省、自治区、直辖市的相关规定和标准发放补偿款。补偿标准通常会考虑受损者的实际损失以及当地的经济情况等因素。
三、特殊情况下的责任承担
虽然一般情况下由当地人民政府给予补偿，但也存在一些特殊情况：
动物园动物造成的损失：
- 如果毁坏庄稼的动物来自动物园，且动物园未能尽到管理职责，那么动物园可能需要承担侵权责任。
相关部门管理不力：
- 如果野生保护动物造成的损失是由于相关部门管理不力导致的，如野生动物保护主管部门未能采取有效措施防止损害发生，那么这些部门可能需要承担一定的责任。但这种情况相对较少，且通常需要通过法律途径来明确责任。
第三人过错：
- 如果是因第三人过错致使野生动物造成庄稼毁坏的，受损者可以向野生动物保护管理等相关部门请求补偿，也可以直接向第三人请求赔偿。
四、建议与注意事项
了解当地补偿政策：
- 不同地区的补偿政策和标准可能存在差异，受损者在申请补偿前应详细了解当地的具体规定。
保留证据：
- 在发现庄稼被毁坏后，受损者应及时保留相关证据，如照片、视频等，以便后续申请补偿时使用。
及时申请：
- 受损者应在发现损失后尽快向相关部门报告并申请补偿，以免错过申请时机。
法律途径：
- 如果政府未按规定给予补偿或补偿不合理，受损者可以通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，当保护动物毁坏庄稼时，受损者有权向当地人民政府申请行政补偿。在申请过程中，应遵循规定的流程和要求，确保自身权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。