个人所得税退付手续费是合法的，以下是对此问题的全面解析：

1. 政策依据：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条的规定，扣缴义务人按照所扣缴的税款，有权从税务机关获得百分之二的手续费。这一条款明确规定了扣缴义务人可以获得手续费返还的权利，是个人所得税退付手续费合法性的直接依据。

2. 申请条件与流程：

   • 申请条件：必须为依法履行了个人所得税代扣代缴义务的扣缴义务人，且申请手续费返还的税款所属期为上一年度。
   • 申请流程：
     1. 登录自然人电子税务局（扣缴端），系统弹出“确认信息”提示框后进行核对确认。
     2. 对系统提取的申报数据进行仔细核对和必要修正。
     3. 核对无误后，通过系统提交退库申请。
     4. 税务机关审核通过后，将及时办理手续费退付。

3. 手续费的使用与分配：

   • 使用范围：手续费可用于提升办税能力、奖励办税人员等，且奖励收入暂免征收个人所得税。
   • 分配方式：企业可将手续费奖励给具体办税人员，该奖励支出可在企业所得税税前扣除。

4. 税务处理要点：

   • 增值税：代扣代缴个人所得税取得的手续费收入需按“经纪代理服务”项目缴纳增值税。
   • 企业所得税：手续费收入计入企业所得税收入总额，用于办税人员的奖励或补助，其支出可在企业所得税税前扣除。

5. 特别提醒：

   • 在进行年度综合所得的汇算清缴时，若预缴税款超过实际应纳税额，纳税人可向主管税务机关申请退税，此过程一般不涉及额外费用。
   • 退税的具体流程和时间可能因地区和政策差异而异，建议事先咨询当地主管税务机关以获取准确信息。
   • 若通过第三方机构协助办理退税，可能会产生市场自定的服务费用，但这并非税务机关收取的费用。

总结与建议： 个人所得税退付手续费是合法的，且有一系列明确的政策依据和申请流程。作为扣缴义务人，您有权依法申请手续费返还，并应按照规定使用和分配这笔费用。同时，也需要注意相关的税务处理要点，确保合规操作。如果您在申请或使用过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。