在非法吸收公众存款罪案件中，总公司与分公司停止犯罪时间不同，追诉时间确实可能存在区别。以下从几个角度进行详细分析：
一、追诉时效的基本原则
追诉时效是指刑事法律规定的，对犯罪分子追究刑事责任的有效期限。在非法吸收公众存款罪中，追诉时效的计算通常遵循《中华人民共和国刑法》中关于追诉时效的一般规定，即根据犯罪的法定最高刑来确定追诉期限。然而，当涉及到总公司与分公司这种组织结构时，追诉时效的计算可能会因犯罪行为的持续性和组织结构的复杂性而有所变化。
二、总公司与分公司犯罪行为的独立性
独立犯罪行为：如果总公司与分公司的非法吸收公众存款行为是独立的，即各自实施犯罪行为，互不关联，那么它们的追诉时效将分别计算。这意味着，如果分公司先停止犯罪行为，其追诉时效将从停止犯罪之日起计算；同样，如果总公司后停止犯罪行为，其追诉时效将从总公司停止犯罪之日起计算。
共同犯罪行为：如果总公司与分公司的非法吸收公众存款行为是共同实施的，或者存在上下级关系、指挥与被指挥关系等，那么它们的犯罪行为可能被视为一个整体。在这种情况下，追诉时效的计算可能会更加复杂，需要考虑整个犯罪行为的持续时间、各参与者的作用等因素。但一般来说，如果整个犯罪行为持续到某个时间点才停止，那么追诉时效将从该时间点起计算。不过，对于具体参与者（如总公司或分公司）的追诉时效，可能还需要根据其在共同犯罪中的作用和地位进行具体分析。
三、追诉时效的延长与中断
在非法吸收公众存款罪案件中，追诉时效还可能受到延长与中断的影响。例如，如果犯罪行为在追诉期限内又犯新罪，那么前罪的追诉期限将从犯后罪之日起重新计算。此外，如果司法机关在追诉期限内已经立案侦查或者采取强制措施，那么追诉时效将不受限制，即可以无限期地追究犯罪分子的刑事责任。这些规定同样适用于总公司与分公司的非法吸收公众存款罪案件。
四、实际操作中的考虑因素
在实际操作中，确定总公司与分公司的停止犯罪时间以及追诉时效的计算还需要考虑多种因素。例如，需要查明犯罪行为的开始和结束时间、各参与者的作用和地位、是否存在共同犯罪等。此外，还需要考虑司法机关的立案侦查时间、采取强制措施的时间等因素。这些因素都可能对追诉时效的计算产生影响。
五、建议与注意事项
综上所述，在非法吸收公众存款罪案件中，总公司与分公司停止犯罪时间不同确实可能导致追诉时间的区别。因此，在处理此类案件时，需要综合考虑多种因素来确定追诉时效的计算方式。如果你或你身边的人涉及此类案件，可以直接向我咨询以获取更具体的法律建议。