针对事业单位人员违规在外兼职且长期不在单位上班的情况，单位应当依据相关法律法规及规章制度，结合员工的具体情形进行妥善且严谨的处理。以下是对此问题的详细分析与处理建议：
一、处理原则与法律基础
法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条以及《事业单位工作人员管理条例》的相关规定，事业单位对于严重违反规章制度的员工，有权解除劳动合同或聘用合同。特别是当员工连续旷工超过规定天数时，这一条款为处理提供了明确的法律支撑。
程序合法性：在采取任何处理措施之前，单位必须确保程序的合法性。这包括向员工发出书面通知，明确要求其解释缺勤的具体原因，并给予一个合理的期限进行改正。这一步骤是保障员工合法权益、避免处理不当的重要环节。
二、针对违规兼职与旷工的具体处理
违规兼职的认定与处理：
- 认定：首先，单位需要明确员工是否确实存在违规兼职的行为。这通常通过调查员工的兼职情况、工作时间安排以及是否影响了本职工作等方面来进行。
- 处理：一旦确认员工存在违规兼职，单位应根据情节的严重程度，给予相应的纪律处分。这可能包括警告、记过、降低岗位等级等。如果兼职行为严重影响了本职工作或违反了单位的明确规定，单位甚至有权解除劳动合同或聘用合同。
旷工的处理：
- 初期措施：对于初次或短期旷工的员工，单位应进行批评教育，并口头或书面告诫其改正。同时，可以按旷工天数扣减工资、奖金等福利待遇，以起到警示作用。
- 纪律处分：如果员工连续旷工超过一定天数（如15个工作日）或一年内累计旷工超限（如30个工作日），单位应给予更严厉的纪律处分，如警告、记过、降低岗位等级、撤职或开除等。
三、考虑员工请假情况与合理需求
- 在处理长期不上班的员工时，单位应充分考虑其是否存在合理的请假事由，如病假、事假等。单位应建立健全的请假制度，明确请假条件、程序和期限，以便员工能够按照规定办理请假手续。
- 如果员工因特殊原因无法上班，如患病等，且已按单位规定办理了请假手续并提供了相应证明，单位应按病假等相关规定处理。未经批准或手续不全者，则仍按旷工处理。
四、其他管理措施与建议
- 沟通协商：单位应与员工进行深入的沟通，了解其不上班的具体原因和困难。通过协商，尝试找到解决问题的最佳途径，如调整工作时间、提供必要的支持等。
- 提供帮助：对于存在特殊情况需要单位照顾或支持的员工，单位应在合法合规的前提下提供相应的帮助。这有助于增强员工的归属感和忠诚度，减少类似问题的发生。
- 加强制度建设：单位应加强规章制度的学习和宣传，提高员工对规章制度的认识和遵守意识。同时，定期对规章制度进行审查和更新，确保其适应单位发展的需要和法律法规的要求。
总结：事业单位在处理违规兼职且长期不上班的员工时，应严格遵循法律法规和单位规章制度，同时兼顾员工的实际情况和合理需求。通过合法的程序、合理的经济处罚、必要的纪律处分以及人性化的管理措施，确保处理的公正性和有效性，维护单位的正常秩序和员工的合法权益。