关于“案件过了追诉期限怎么处理”的问题，这确实是一个涉及刑事诉讼中追诉时效制度的重要法律问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、追诉期限的基本概念

追诉期限，简单来说，就是刑法中对犯罪人进行刑事追究的有效时间限制。这个期限是根据犯罪的法定最高刑来设定的，一旦超过这个期限，原则上就不能再对犯罪人进行刑事追究了。比如，根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉期限为五年；法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉期限为二十年。

二、超过追诉期限的一般处理原则

1. 司法机关的处理：

   • 在侦查阶段，如果公安机关发现犯罪行为已超过追诉时效期限，应当立即撤销案件，停止进一步的侦查活动。
   • 在审查起诉阶段，检察机关如果发现犯罪已过追诉时效期限，应当依法作出不起诉决定，终止刑事诉讼程序。
   • 在审判阶段，法院如果发现案件已过追诉时效期限，应当裁定终止审理。无论是公诉案件还是自诉案件，都应如此处理。

2. 对犯罪嫌疑人的影响：

   • 一旦案件超过追诉期限，检察机关不得再对犯罪嫌疑人提起公诉，法院也不能主动追究其刑事责任，即不能对其定罪判刑。

三、特殊情况下的处理

当然，也存在一些不受追诉期限限制的特殊情况：

1. 逃避侦查或审判：

   • 如果犯罪嫌疑人在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后逃避侦查或者审判，那么追诉期限将不受限制。这意味着，即使犯罪已过通常的追诉期，仍可对犯罪嫌疑人进行追诉。

2. 被害人控告但未立案：

   • 如果被害人在追诉期限内提出控告，而人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案，那么同样不受追诉期限的限制。

3. 最高人民检察院核准：

   • 在特定情况下，如社会危害特别严重或长期逃避法律制裁的情况，如果认为有必要继续追诉，可以经过最高人民检察院的核准，继续对犯罪嫌疑人进行刑事追究。

四、民事权利的行使

虽然刑事案件因追诉时效过期而不再追究刑事责任，但被害人因犯罪行为所遭受的损害并未因此消失。被害人有权在法律规定的诉讼时效内向法院提起民事诉讼，要求获得赔偿。这一规定确保了被害人的合法权益得到保障。

五、实例说明

以一个具体案例来说明：假设某人在1990年实施了一起盗窃行为，按当时法律规定法定最高刑为三年有期徒刑，追诉时效为五年。如果到2000年时才发现该盗窃行为，并且没有上述特殊情况存在，那么司法机关应依法不予立案或终止审理。

六、建议

每个具体案件的情况都有所不同，因此在处理时需结合实际情况和相关法律法规进行具体分析。如果您面临此类问题，我建议您咨询专业的法律人士以获取更具体的建议和帮助。他们可以根据您的具体情况，为您提供更准确、更全面的法律指导。