针对您提出的“林地变更建设用地批复下来了但没有开工许可证却已经建房了，会如何处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规和案例为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，即使林地变更建设用地的批复已经下来，但在未取得开工许可证的情况下擅自建房，仍然属于违法行为。这种行为可能涉及多个方面的法律责任，包括但不限于林业、土地管理和城乡规划等方面的法律法规。
一、林业方面的法律责任
根据《中华人民共和国森林法》的相关规定，未经县级以上人民政府林业主管部门审核同意，擅自改变林地用途的，由县级以上人民政府林业主管部门责令限期恢复植被和林业生产条件，并可以处恢复植被和林业生产条件所需费用三倍以下的罚款。虽然您的案例中林地变更建设用地的批复已经下来，但如果在建房过程中未按照林业主管部门的要求进行，或者对林地造成了破坏，仍然可能面临林业方面的处罚。
二、土地管理方面的法律责任
未办理建设用地审批手续擅自占用林地：
- 即使林地变更建设用地的批复已经下来，但如果在建房前未按照《中华人民共和国土地管理法》的规定办理建设用地审批手续，擅自占用林地，那么将面临土地管理方面的处罚。
- 处罚措施可能包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，并可能处以罚款。
超出审批范围建设：
- 如果在建房过程中超出了原审批的建设用地范围，那么超出部分也将被视为非法占用土地，面临相应的处罚。
三、城乡规划方面的法律责任
- 如果在建房过程中未按照城乡规划的要求进行建设，或者未取得建设工程规划许可证，那么还可能面临城乡规划方面的处罚。
- 处罚措施可能包括责令停止建设、限期改正、处以罚款等。
四、综合处罚与案例参考
- 在实际执法过程中，对于此类违法行为，相关部门可能会根据具体情况进行综合处罚，包括罚款、责令拆除违法建筑、恢复土地原状等。
- 以海南某农业公司诉五指山市执法局行政处罚案为例，该公司因未经审批擅自将后备林地改为非农项目建设用地，被五指山市执法局处以罚款，并责令恢复后备林地用途。这一案例表明，对于擅自改变林地用途的行为，执法部门会依法进行严厉处罚。
五、建议与措施
立即停止违法行为：
- 如果您已经擅自建房，建议立即停止违法行为，避免进一步扩大损失和法律责任。
主动与相关部门沟通：
- 主动与林业、土地管理和城乡规划等部门沟通，说明情况，寻求合法的解决方案。
补办相关手续：
- 如果可能的话，尽快补办开工许可证和建设用地审批手续等必要文件，以符合法律法规的要求。
接受处罚并整改：
- 如果相关部门已经对您进行了处罚，建议接受处罚并按照要求进行整改，以恢复土地原状和符合规划要求。
综上所述，擅自改变林地用途并在未取得开工许可证的情况下建房是违法行为，将面临林业、土地管理和城乡规划等多方面的法律责任。建议您立即停止违法行为，主动与相关部门沟通并寻求合法的解决方案。