在交通事故中，当双方被判定为主次责任时，保险公司赔付修车费用确实是会按照主次责任来进行的，但这一过程并非单一因素决定，而是涉及多个环节和法律依据。以下是对这一问题的详细解答：

一、基本原则

1. 责任比例分担：在交通事故中，主责方通常承担较大比例的费用，次责方承担较小比例的费用。一般来说，机动车之间事故的主次责任比例为70%和30%，但具体比例可能因地区、案情及保险公司政策有所调整。

2. 交强险优先赔付：交强险是强制保险，用于赔偿交通事故中的第三方损失。如果双方车辆都投保了交强险，那么修车费用会首先由各自的交强险在财产损失赔偿限额内（通常为2000元）进行赔付。

3. 商业险按合同赔付：若交强险不足以覆盖全部损失，且当事人购买了商业车险（如车损险、三者险等），则可根据保险合同约定向保险公司申请理赔。保险公司会按照合同约定的比例和限额进行赔付。

二、具体赔付流程

1. 交强险赔付阶段：

   • 双方保险公司在交强险内互赔对方的修车费，但以各自的财产损失赔偿限额为限。

2. 商业险赔付阶段：

   • 若交强险赔付后仍有不足，且当事人购买了商业险，则超出部分由商业险按照责任比例进行赔付。例如，主责方可能承担70%的超出部分，次责方承担30%。

3. 自费承担阶段：

   • 对于超出保险赔付范围的部分，由双方当事人按照主次责任的比例自行承担。

三、特殊情形下的费用分担

1. 机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生事故：

   • 在这种情况下，机动车一方可能承担更大比例的责任，如80%-90%，具体比例根据实际情况由法院或交警部门确定。

2. 一方未投保或未足额投保：

   • 若一方未投保交强险或商业险，或未足额投保，则该方需自行承担其应承担的赔偿责任部分。

四、注意事项

1. 保存证据：事故发生后，务必妥善保存事故责任认定书、维修发票、维修清单等重要证据，以便后续索赔。

2. 合理定损：对修车费用的合理性有疑问时，可要求保险公司或第三方机构进行定损评估，以确保赔偿金额的公正性。

3. 及时报案与理赔：事故发生后，双方应及时报警并向保险公司报案，按照正常的理赔流程来处理修车费的赔偿问题。

五、实例说明

假设A车和B车发生事故，经交警认定A车负主要责任，B车负次要责任。A车修车费5000元，B车修车费3000元。处理流程可能如下：

• 首先，双方保险公司在交强险内互赔2000元。
• A车超出交强险的部分为3000元，B车超出交强险的部分为1000元。
• 假设主次责任比例为70%和30%，则A车需承担自己超出部分的70%及B车超出部分的70%（若商业险覆盖），即2100元+700元（若商业险赔付）=2800元（实际可能由商业险赔付部分金额）；B车需承担自己超出部分的30%及A车超出部分的30%（若需自费或商业险不覆盖），即300元+900元（若需自费）=1200元（实际承担可能因商业险赔付而减少）。

总结：保险公司赔付修车费用时，确实会按照主次责任进行，但具体赔付金额和流程会受到交强险、商业险以及责任比例等多种因素的影响。因此，在处理此类问题时，建议双方保持沟通畅通，尽量通过协商解决争议；同时，也要了解相关法律法规和保险条款，以便在必要时维护自身权益。如有需要，可咨询专业律师或保险公司以获取更准确的指导和帮助。