劳动者主张双休日加班工资时，举证责任的分配主要遵循以下原则：
基础举证责任由劳动者承担：
- 根据“谁主张，谁举证”的基本原则，劳动者首先需要提供初步证据来证明双休日加班事实的存在。这些证据可以包括但不限于考勤记录、工作邮件、工作成果、同事证言等。这些证据应当能够显示劳动者在双休日进行了工作，从而构成加班的事实。
举证责任倒置的特殊情况：
- 当劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，如电子考勤数据、加班审批记录等，而用人单位无正当理由拒不提供时，举证责任将转移至用人单位。此时，如果用人单位无法提供有效证据来反驳劳动者的主张，法院或仲裁机构可能会直接认定劳动者主张的加班事实成立，并据此裁决用人单位支付相应的加班工资。
加班费计算基数的确定：
- 在主张双休日加班工资时，除了证明加班事实的存在外，劳动者还需要关注加班费的计算基数。通常，加班费的计算基数应以劳动者正常工作时间的月工资为基础，扣除非常规奖金及福利性、风险性等项目后的金额来确定。这一计算基数的确定对于劳动者最终能获得多少加班工资至关重要。
实务操作建议：
劳动者方面：
- 尽可能收集并保存所有与双休日加班相关的证据，包括但不限于考勤记录、工作邮件、工作成果、同事证言等。
- 如果无法直接获取某些关键证据（如用人单位掌握的电子考勤记录），可以通过合法途径（如申请劳动仲裁委员会或法院调查取证）要求用人单位提供。
- 在主张加班工资时，明确加班费的计算基数，并准备好相应的证据来支持自己的主张。
用人单位方面：
- 妥善保管与加班相关的证据，包括考勤记录、加班审批记录等，以避免不必要的法律风险。
- 如果劳动者主张双休日加班工资，用人单位应积极配合提供相关证据，以证明自己已经支付了加班工资或安排了补休。
- 如果用人单位确实无法提供有效证据来反驳劳动者的主张，应考虑与劳动者进行协商，以达成和解并避免进一步的法律纠纷。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条：发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
- 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十二条：劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。但劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。
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