若甲方因进度问题扣款，乙方可按以下步骤处理：

1. 核查合同条款
   首先需审查合同中关于工期、违约责任及扣款的具体约定。若合同明确约定“逾期完工每日按合同总价X%扣款”，且乙方确实存在工期延误，则甲方扣款行为可能具有合同依据。但需注意：

   • 扣款比例是否合理（如超过实际损失的30%，可能被认定为“过分高于损失”，乙方可主张调整）；
     
   • 合同是否约定“工期顺延情形”（如不可抗力、甲方变更设计等），若存在法定或约定顺延事由，乙方可主张免责。

2. 固定证据链
   若乙方认为扣款不合理，需立即收集以下证据：

   • 工期延误原因：如甲方未按时提供施工条件、设计变更导致返工等（需通过会议纪要、往来函件、监理日志等证明）；
     
   • 实际损失对比：甲方扣款金额与其实际损失（如延期导致的租金损失、管理成本增加等）是否匹配；
     
   • 已采取的补救措施：如加班赶工、增加资源投入等（需提供考勤记录、采购凭证等）。

3. 协商与书面异议
   在扣款发生后，乙方应第一时间与甲方沟通，明确提出异议并要求书面说明扣款依据。若协商无果，需在合同约定的异议期内（如未约定，建议在扣款后7日内）发送书面函件，载明：

   • 扣款金额与合同条款的冲突点；
     
   • 乙方对工期延误的抗辩理由及证据；
     
   • 要求甲方限期回复，否则将通过法律途径解决。

4. 法律救济途径
   若甲方坚持扣款且拒绝协商，乙方可根据合同争议解决条款选择：

   • 仲裁：若合同约定仲裁条款，需向约定仲裁机构申请仲裁（仲裁一裁终局，效率较高）；
     
   • 诉讼：若未约定仲裁，可向工程所在地法院起诉，主张扣款无效或要求返还超额扣款。诉讼中需重点证明：
     
     • 甲方扣款无合同或法律依据；
       
     • 扣款金额显著高于实际损失（可申请司法鉴定）。

风险提示：若乙方未在合同约定或法定期限内提出异议，可能被视为认可扣款行为。因此，及时行动是关键。如有具体合同条款或证据材料，可进一步向我提供，我将结合细节分析风险点及应对策略。