结论前置：针对甲方无故扣款两千的情况，你可以通过协商、投诉或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
详细分析：
协商解决：
- 步骤：首先，你可以尝试与甲方进行友好协商，明确指出扣款行为缺乏合法依据，要求甲方立即退还无故扣款的金额。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方应当遵循诚实信用原则，按照约定履行自己的义务。甲方无故扣款，显然违反了这一原则。
投诉举报：
- 步骤：如果协商无果，你可以向相关监管部门或行业协会进行投诉举报。例如，如果甲方是某行业的公司，你可以向该行业的监管部门或行业协会反映情况，要求他们介入调查并处理。
- 法律依据：根据《中华人民共和国消费者权益保护法》等相关法律法规，消费者有权对侵害其合法权益的行为进行投诉举报，相关部门应当依法处理。
法律诉讼：
- 步骤：如果协商和投诉均未能解决问题，你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。具体来说，你可以向法院提起诉讼，要求甲方退还无故扣款的金额，并可能要求甲方承担因此产生的诉讼费用和其他合理费用。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，公民、法人或其他组织认为自己的合法权益受到侵害时，有权向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，你需要提供充分的证据来证明甲方的扣款行为缺乏合法依据。
- 证据准备：为了支持你的诉讼请求，你需要收集并整理相关证据，如合同、付款记录、沟通记录等。这些证据将有助于证明甲方的扣款行为是违法的，并支持你的退款请求。
额外建议：
- 保留证据：在整个过程中，务必保留好所有与甲方沟通、交易相关的证据，包括书面合同、电子邮件、短信、付款记录等。这些证据将在后续的协商、投诉或诉讼中发挥关键作用。
- 寻求专业帮助：如果你对法律程序不熟悉或感到困惑，可以考虑咨询专业律师（即向我咨询）以获取更具体的法律建议和指导。律师将能够根据你的具体情况提供个性化的法律解决方案。
可能后果：
- 如果甲方被认定存在无故扣款的行为，除了需要退还扣款金额外，还可能面临法律制裁和声誉损失。
- 如果你通过法律途径成功维权，除了获得退款外，还可能获得一定的赔偿或补偿。
总结：面对甲方无故扣款的情况，你有多种途径来维护自己的合法权益。从协商到投诉再到诉讼，每一步都需要谨慎处理并保留好相关证据。如果你需要进一步的法律帮助或建议，请随时向我咨询。