若对欠条笔迹鉴定结果发现存在有不应用于鉴定的样本时，法院通常会根据具体情况采取以下措施：
重新鉴定或补充鉴定：
- 法律依据：根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》的相关精神，如果鉴定过程中存在程序违法、样本选取不当等情形，可能影响鉴定结果的公正性和准确性，法院有权要求重新鉴定或补充鉴定。
- 具体操作：法院可能会要求鉴定机构重新选取样本，或者对原有样本进行进一步的分析和比对，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。
对鉴定结果不予采信：
- 法律依据：同样基于上述规定，如果鉴定样本存在问题，导致鉴定结果无法反映真实情况，法院有权对该鉴定结果不予采信。
- 具体操作：在审理案件时，法院会综合考虑其他证据，如欠条的其他部分内容、双方当事人的陈述、证人证言等，来认定案件事实。如果鉴定结果因样本问题而被排除，法院将依据其他有效证据作出判决。
对鉴定机构或鉴定人进行处罚（极端情况）：
- 法律依据：虽然直接的法律条款可能并未明确提及对鉴定机构或鉴定人的处罚，但根据《民事诉讼法》及相关司法解释的精神，如果鉴定机构或鉴定人存在故意或重大过失导致鉴定结果错误，法院可以视情况向相关部门提出司法建议，要求对其进行处罚。
- 具体操作：这通常是在鉴定机构或鉴定人的行为严重违反职业道德或法律规定，且对案件审理造成重大影响时才会发生。法院会通过正式渠道向相关部门反映情况，并建议采取相应的处罚措施。
在处理此类情况时，法院会遵循以下原则：
- 公正性原则：确保鉴定过程的公正性和鉴定结果的准确性，是法院审理案件的基本要求。因此，对于存在问题的鉴定样本，法院会采取必要措施予以纠正。
- 证据充分性原则：法院在认定案件事实时，会综合考虑所有相关证据。如果鉴定结果因样本问题而被排除，法院将依据其他有效证据作出判决，以确保案件的公正审理。
- 程序合法性原则：法院在处理鉴定问题时，会严格遵守法定程序。如果鉴定过程存在程序违法情形，法院有权要求重新鉴定或补充鉴定，以确保程序的合法性和正当性。
建议：
- 如果您作为当事人发现欠条笔迹鉴定中存在不应用于鉴定的样本，应及时向法院提出异议，并提供相关证据支持您的观点。
- 在参与鉴定过程时，应确保鉴定样本的选取符合法律规定和鉴定要求，以避免因样本问题导致鉴定结果无效。
- 如果您对鉴定结果有疑问或不满，可以咨询专业律师，了解您的权利和义务，以及可能的法律救济途径。
如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。