关于物流玻璃碎了员工如何赔偿的问题，需要分情况讨论，以下是具体分析：

1. 若员工存在故意或重大过失
   根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。若员工在搬运、装卸或运输过程中存在故意损坏玻璃（如摔砸、恶意破坏）或重大过失（如未按照操作规范捆绑货物导致玻璃滑落），则需对货主或物流公司的损失承担赔偿责任。赔偿范围通常包括玻璃本身的价值、运输费用及因延误产生的合理损失（如紧急补货的差价）。

2. 若员工仅存在一般过失
   若员工已尽到基本注意义务（如按流程操作但因货物包装缺陷导致破碎），则属于职务行为中的一般风险。根据《民法典》第1191条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。此时赔偿主体应为物流公司，员工无需个人赔偿。但若公司能证明员工存在故意或重大过失，可向员工追偿部分损失（需以公司实际赔偿金额为限）。

3. 若玻璃破碎由第三方原因导致
   若破碎系因交通事故（对方全责）、货物包装本身存在质量问题（如包装强度不足）、不可抗力（如地震、台风）等非员工原因造成，则员工无需承担责任。此时应由责任方（如保险公司、包装方）或物流公司自行承担损失。

实务建议：

• 员工应保留工作记录（如操作流程照片、同事证言）证明自身无过错；
  
• 物流公司需完善风险管理制度（如购买货物运输保险、明确操作规范）；
  
• 若发生纠纷，建议通过协商或诉讼明确责任主体，避免直接扣减员工工资（可能违反《工资支付暂行规定》第16条）。

如有具体场景（如是否签订劳动合同、是否购买保险等），可进一步向我说明，我会结合细节提供更精准的建议。