占股份99%的法人确实可以变更。这一变更过程主要涉及到公司股权结构和法定代表人的变更，下面我将从多个角度为你详细分析：

1. 股权变更与法定代表人变更的独立性：

   • 股权变更是指公司股东之间或股东与外部投资者之间转让股权的行为。在这个问题中，即使某股东持有99%的股份，他仍然有权将其持有的股份转让给其他股东或外部投资者。
   • 法定代表人变更则是指公司根据章程或股东会决议，更换公司的法定代表人。法定代表人的变更并不直接依赖于股权的变更，但股权变更可能影响股东会或董事会的决策，从而间接影响法定代表人的选择。

2. 变更流程：

   • 股权变更流程：通常包括签订股权转让协议、修改公司章程、办理工商变更登记等步骤。在这个过程中，需要确保所有股东（包括持有99%股份的股东）的权益得到妥善处理，并遵守相关法律法规和公司章程的规定。
   • 法定代表人变更流程：一般涉及公司股东会或董事会的决议，以及向工商行政管理部门提交变更登记申请。在变更法定代表人时，需要确保新任法定代表人符合相关法律法规和公司章程的要求。

3. 法律后果与注意事项：

   • 法律后果：股权变更和法定代表人变更完成后，公司的股权结构和法定代表人将发生相应变化。这可能影响公司的决策机制、管理结构和法律责任等方面。
   • 注意事项：在进行股权变更和法定代表人变更时，应确保所有程序合法合规，避免产生法律纠纷。特别是对于持有大量股份的股东（如本例中的99%股东），其变更行为可能对公司产生重大影响，因此应谨慎行事。

4. 实际操作建议：

   • 在进行股权变更和法定代表人变更前，建议咨询专业律师或法律顾问，以确保所有程序合法合规，并充分了解变更可能带来的法律后果。
   • 确保所有相关文件（如股权转让协议、公司章程修改案、股东会或董事会决议等）均得到妥善保存和备案，以备未来可能出现的法律纠纷。

如果你在股权变更或法定代表人变更过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。作为专注于股权转让领域的专业律师，我将为你提供全面、准确的法律服务。