学校因食品安全问题被罚款，罚款原则上应由学校作为行政相对人承担，但具体资金来源需根据学校性质及内部管理规定分情况讨论。以下是具体分析：

1. 公立学校
   公立学校属于事业单位，其经费来源主要为财政拨款。根据《行政处罚法》及《财政违法行为处罚处分条例》，若罚款因学校直接过错导致（如食堂管理失职），通常需从学校自有资金（如非财政专项资金）中支付。若学校无自有资金，可能需通过调整预算或申请临时拨款解决，但严禁使用财政专项教育经费直接支付罚款，否则可能涉嫌挪用公款。

2. 私立学校
   私立学校作为独立法人，需以自有财产承担行政责任。罚款应由学校运营资金或责任主体（如举办者）承担。若因食堂承包方过错导致罚款，学校可依据《民法典》第1191条向承包方追偿，但行政处罚的直接对象仍是学校，需先履行罚款义务后再行内部追责。

3. 特殊情形

   • 食堂外包且合同明确责任：若学校与承包方签订的合同中明确约定“因承包方原因导致行政处罚的，由承包方承担费用”，学校可依据合同向承包方索赔，但需注意行政处罚的相对性（即罚款需先由学校缴纳）。
     
   • 个人直接责任：若食品安全问题由学校工作人员个人故意或重大过失导致（如篡改检验报告），学校承担罚款后可依据《劳动合同法》或内部规章制度向责任人追偿，但需以学校实际支付罚款为前提。

建议：学校应优先通过内部管理机制明确责任主体，避免公款滥用；若涉及承包方，需保留合同、沟通记录等证据以便追偿。如有复杂情形，可进一步向我咨询具体操作方案。