在审查起诉阶段，如果被告人（或犯罪嫌疑人）患有严重疾病，司法机关会依据相关法律法规进行一系列特殊处理，以确保司法公正的同时，也兼顾到人文关怀。以下是对此问题的详细解答：
一、医学鉴定是首要步骤
首先，必须进行医学鉴定，这是所有后续处理的基础。医学鉴定的目的是确认被告人的疾病种类、严重程度，以及这种疾病是否会影响其接受审判的能力。只有基于准确的医疗评估，司法机关才能做出恰当的决策。
二、可能变更的强制措施
取保候审：
- 如果被告人患有严重疾病，生活不能自理，且采取取保候审不会对社会造成危险性，那么根据《刑事诉讼法》的规定，可以对其取保候审。
- 取保候审期间，被告人需要提出保证人或交纳保证金，并遵守相关规定，如不得离开指定居住地、不得干扰证人作证等。
监视居住：
- 对于符合取保候审条件但无法提供保证人或保证金的被告人，可以实施监视居住。
- 监视居住通常在被告人的住处执行，如果没有固定住处或特定情况下，也可以在指定居所执行，但绝对不得在羁押场所或专门办案场所执行。
（针对已判决情况的）保外就医：
- 这一点虽然主要针对已判决的罪犯，但在此也一并说明，以便全面理解。如果罪犯患有严重疾病，且监狱内的医疗条件无法满足其治疗需求，可以申请保外就医，在监外进行治疗。
- 保外就医期间，罪犯需遵守监管规定，如定期报告身体状况、不得离开指定治疗地点等。
三、诉讼程序的相应调整
中止审查/审理：
- 如果被告人因严重疾病长时间无法接受讯问或参与诉讼活动，人民检察院可以决定中止审查，法院则可以决定中止审理。
- 待被告人病情好转，能够接受诉讼活动时，再恢复审查或审理程序。
延期审理：
- 如果疾病影响了被告人的认知能力或表达能力，法院可以考虑延期审理，以确保被告人能在良好状态下参与诉讼。
特殊程序审理：
- 对于因病无法出庭的被告人，法院可以在医院或其他适当场所设立临时法庭进行审理。
- 也可以考虑通过视频等方式进行远程审判，以体现司法的便利性和人性化。
四、法律保障与人文关怀的体现
法律援助：
- 如果被告人因疾病无法充分为自己辩护，且符合法律援助条件，人民检察院应通知法律援助机构指派律师为其提供辩护。
- 这确保了被告人的合法权益得到充分保障，即使其因疾病无法自行行使辩护权。
人道主义关怀：
- 在整个过程中，司法机关应充分体现对被告人的人道主义关怀。
- 这包括在讯问时间、地点、方式上的适当调整，确保有医疗保障措施，以及提供必要的医疗救治和生活照顾。
总结
在审查起诉阶段，对于患有严重疾病的被告人，司法机关会综合考虑医学鉴定结果、诉讼需要及人文关怀等多方面因素，采取适当的处理措施。这些措施既体现了法律的严谨性，也彰显了司法的人文精神。通过变更强制措施、调整诉讼程序及提供法律保障和人文关怀，司法机关努力确保司法公正与人文关怀的平衡得以实现。