公司罚款的管理部门主要取决于罚款的性质和公司的类型，具体如下：

1. 如果是公司内部规章制度下的罚款（如员工违反公司规定）：

   • 这类罚款通常由公司的人力资源部门或行政部门负责管理和执行。它们会根据公司制定的规章制度，对违规员工进行相应的罚款处理。但需要注意的是，公司并非行政机关或司法机关，其罚款权力受到严格限制。根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，公司不得随意对员工进行罚款，除非该罚款是基于双方劳动合同中的明确约定，且罚款的数额和方式需符合法律规定。

2. 如果是公司因违反法律法规而受到的罚款（如环保、税务、工商等部门的处罚）：

   • 这类罚款则由相应的政府监管部门负责管理和执行。例如，环保罚款由环保部门负责，税务罚款由税务部门负责，工商罚款由工商部门负责等。这些部门会根据法律法规的规定，对公司进行罚款，并监督公司履行罚款义务。

额外提醒与建议：

• 对于公司内部罚款，建议公司制定明确的规章制度，并确保这些制度符合法律法规的规定。同时，公司在执行罚款时，应确保程序公正、透明，避免侵犯员工的合法权益。
• 对于公司因违反法律法规而受到的罚款，建议公司及时咨询专业律师，了解罚款的合法性和合理性，以及可能的法律后果和应对策略。

如果您在处理公司罚款问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细、专业的法律建议。