登记船舶在非通航水域航行是否违法，需分情况讨论：

1. 若非通航水域明确禁止航行：

   • 根据相关法律法规，如果某水域被明确划定为非通航水域，并且有明确的法律法规或管理规定禁止船舶在该水域航行，那么登记船舶在该水域航行就是违法的。这种情况下，船舶所有人或经营人可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等，甚至可能承担刑事责任，如果航行行为造成了严重后果。

2. 若非通航水域未明确禁止航行，但存在安全隐患或管理限制：

   • 即使某水域未被明确划定为非通航水域，但如果存在安全隐患（如水深不足、水流湍急、存在障碍物等）或管理限制（如需要特定许可或遵循特定规则才能航行），船舶在该水域航行也可能构成违法或违规行为。这通常取决于当地的水上交通管理规定或相关部门的解释和执行。

3. 若非通航水域无明确限制，且航行安全：

   • 如果某水域确实不属于通航水域，且没有明确的法律法规或管理规定禁止船舶航行，同时航行行为也不会对水域环境、其他船舶或人员造成安全隐患，那么在这种情况下，登记船舶在该水域航行可能不构成违法。但即便如此，船舶所有人或经营人仍需谨慎行事，确保航行安全，并遵守可能存在的其他相关规定（如环保要求、渔业资源保护等）。

法律建议：

• 在决定让登记船舶在非通航水域航行之前，船舶所有人或经营人应首先查阅相关的法律法规和水上交通管理规定，了解该水域的航行限制和要求。
• 如果对该水域的航行限制存在疑问或不确定，建议咨询当地的海事管理机构或相关部门，以获取准确的指导和建议。
• 在航行过程中，应严格遵守相关的航行规则和安全要求，确保航行安全，避免发生意外事故。

可能后果：

• 如果违反相关法律法规或管理规定在非通航水域航行，船舶所有人或经营人可能会面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任等后果。因此，务必谨慎对待航行行为，确保合法合规。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的解答。