保底工资通常不包含加班工资，除非劳动合同中有明确且合法的约定。下面我从几个方面为你详细分析：
一、保底工资与加班工资的性质
保底工资：是用人单位与劳动者约定的最低劳动报酬标准，它仅涵盖正常工作时间内所创造的劳动价值，是劳动者完成正常工作应得的基本收入，旨在保障劳动者的基本生活和正常工作。
加班工资：是劳动者在超出正常工作时间之外，按照用人单位的生产和工作需要继续提供劳动所获得的额外报酬。它是对劳动者额外劳动付出的补偿，支付标准根据加班时间的不同（如平时、周末、法定节假日）有所区别。
二、法律依据
- 根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额包括加班加点工资，这表明加班工资是独立于正常工资之外的组成部分。
- 《中华人民共和国劳动法》第四十四条也明确规定了加班费的支付标准，即在不同情况下应支付不低于工资的150%至300%的工资报酬。
三、约定情况与实际应用
约定情况：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，保底工资可以包含加班费。例如，合同中写明“月保底工资XX元，包含平时及周末加班费用”，此约定有效。但即便如此，折算后的正常工作时间小时工资也不得低于当地规定的小时最低工资标准。
- 如果没有明确约定，保底工资不应当包含加班费。正常出勤情况下的保底工资是劳动者正常工作时间的工资，加班应另行支付加班费。
实际应用：
- 在实践中，用人单位应严格按照相关法律法规的规定支付劳动者的保底工资和加班费。未按规定支付加班费的，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查关于保底工资和加班费的条款，确保自己的合法权益得到保障。如认为用人单位对于保底工资和加班费的计算与支付存在问题，应先与用人单位协商沟通；协商不成时，可依法向相关部门投诉或寻求法律援助。
四、特殊情况与风险提示
- 有些用人单位可能会试图通过模糊合同条款或口头约定来规避支付加班费的责任。劳动者在面对这种情况时，应坚决维护自己的合法权益，要求用人单位明确书面约定保底工资和加班费的具体内容。
- 如果用人单位以劳动者不加班为由扣除保底工资，这种行为是违法的。劳动者可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位足额支付工资并承担相应的法律责任。
综上所述，保底工资与加班工资是两种不同的工资类型，分别对应劳动者在正常工作时间内和超出正常工作时间所提供的劳动。用人单位应依法区分并支付这两种工资，确保劳动者的合法权益不受侵害。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。