结论：即使口腔医院与员工签订了工资保密协议，员工通常仍需依法申报并缴纳个人所得税，且税务机关依法获取的个人所得税信息不受该协议约束。

详细分析：

1. 工资保密协议的法律性质
   工资保密协议是用人单位与劳动者之间关于薪酬信息保密的约定，属于劳动合同的补充条款。其核心目的是保护企业商业秘密（如薪酬体系、防止内部攀比等），但该协议仅约束协议双方（即用人单位和劳动者），不得对抗第三方或违反法律法规的强制性规定。

2. 个人所得税的法定义务
   根据《中华人民共和国个人所得税法》及实施条例，个人所得税的申报和缴纳是公民的法定义务，与工资是否保密无关。具体表现为：

   • 扣缴义务：用人单位作为工资薪金的支付方，必须依法履行代扣代缴个人所得税的义务，并向税务机关报送相关纳税信息（如《个人所得税扣缴申报表》）。
   • 信息透明性：税务机关有权依法调取纳税人的收入信息，包括工资、奖金等，以核实纳税申报的真实性。即使劳动者与用人单位约定保密，税务机关获取的信息仍受法律保护，且劳动者需配合税务调查。

3. 保密协议与税务合规的边界

   • 对内约束：工资保密协议可限制劳动者向同事、竞争对手等第三方披露薪酬信息，但不包括向税务机关、法院等国家机关披露。
   • 对外无效：若劳动者因税务申报、审计等原因向税务机关提供工资信息，不构成对保密协议的违约，用人单位不得以此追究责任。
   • 违法风险：若用人单位通过保密协议阻止劳动者依法纳税（如要求隐瞒收入、伪造申报数据），可能涉嫌逃税，双方均需承担法律责任。

4. 实务建议

   • 对劳动者：
     依法履行纳税义务，无需因保密协议而隐瞒收入。若用人单位以保密为由要求不申报或少申报个税，可向税务机关举报（举报电话：12366）。
   • 对用人单位：
     工资保密协议应明确约定“不包含对税务机关的信息披露义务”，避免因条款违法导致无效。同时，应完善薪酬管理制度，通过合法方式（如分档保密、限制传播范围）保护商业秘密。

总结：工资保密协议与个人所得税申报是两个独立的法律关系。劳动者需优先履行纳税义务，税务机关依法获取的信息不受保密协议限制。若您或您所在的口腔医院遇到相关纠纷，可进一步向我咨询具体应对方案。