针对替班司机驾驶证记分扣完未归还的情况，可按以下步骤处理：

1. 立即核实记分情况与车辆使用关系
   首先需确认替班司机的记分是否因驾驶您名下或管理的车辆产生。若记分与您的车辆直接相关（如交通违法被电子眼抓拍），您作为车辆所有人或管理人可能面临连带风险，例如车辆年检受阻、保险理赔纠纷等。若记分与您的车辆无关，则主要涉及替班司机个人责任，但您仍需关注其是否具备继续驾驶的合法资格。

2. 与替班司机沟通，要求其限期处理
   根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾驶证记满12分后，司机需在15日内参加满分学习并考试合格，否则驾驶证将被公告停止使用。您应书面或录音留存证据，要求替班司机：

   • 立即停止驾驶您的车辆；
     
   • 在规定期限内完成记分清零（如通过学习考试）；
     
   • 归还驾驶证及相关证件（如从业资格证）。
     若司机拒绝配合，可明确告知其继续驾驶的违法性及您将采取的措施。

3. 评估是否解除雇佣或合作关系

   • 若替班司机为雇员：根据《劳动合同法》，您可因其严重违反交通法规或公司规章制度（如无证驾驶）解除劳动合同，但需提前通知工会或说明理由，并保留书面证据。
     
   • 若为临时合作：可直接终止合作，并要求其赔偿因记分未清导致的损失（如车辆停运损失、罚款等）。
     

4. 向交通管理部门举报或申请协助
   若替班司机持已记满12分的驾驶证继续驾驶，您可向当地交警部门举报其违法行为（依据《道路交通安全法》第99条，无证驾驶可处200-2000元罚款，并可拘留15日）。同时，可申请交警部门协助督促其处理记分或暂扣车辆。

5. 防范后续风险

   • 车辆管理：立即收回车辆钥匙，避免司机继续使用；若车辆已出租或借用，需通过书面通知终止使用权限。
     
   • 保险理赔：联系保险公司确认记分未清是否影响保险效力，必要时补充告知或调整保单。
     
   • 法律追责：若司机行为导致事故或损失，您可依据《民法典》第1165条要求其承担侵权责任；若您存在管理过失（如明知其记分未清仍允许驾驶），可能需承担部分连带责任。

提示：建议后续雇佣司机时，在合同中明确约定“记分达到一定标准时雇主有权解除合同”，并定期查询司机记分情况（可通过“交管12123”APP或当地车管所查询），以降低风险。如有具体纠纷或需要起草协议，可进一步向我咨询细节。