生产企业车间管理制度中规定的罚款是否合法，需分情况讨论：

1. 罚款主体合法性
   根据《行政处罚法》第十七条，只有行政机关或法律授权的组织才能实施罚款。企业作为民事主体，无权自行设定罚款权。若车间制度规定“员工迟到罚款50元”“操作失误罚款100元”等，此类条款因企业不具备行政处罚主体资格而直接违法。

2. 罚款与劳动合同法的冲突
   《劳动合同法》第二十五条明确，用人单位仅在两种情形下可约定违约金：

   • 劳动者违反服务期约定；
     
   • 劳动者违反竞业限制约定。
     若企业将罚款包装为“违约金”或“损害赔偿”，但实际无法证明员工行为造成直接经济损失（如设备损坏、产品报废等具体金额），则罚款条款因违反法律强制性规定而无效。

3. 合法替代方案：扣减绩效工资
   企业可通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定《绩效考核制度》，将工作纪律、操作规范等纳入考核指标。例如：

   • 迟到1次扣减当月绩效分5分，对应绩效工资减少50元；
     
   • 操作失误导致产品返工，按实际损失的30%扣减绩效（需保留损失计算依据）。
     此类方式属于民事权利处分，不违反法律禁止性规定，但需满足：
     
   • 制度经民主程序制定并公示；
     
   • 扣减金额与员工过错程度、损失大小相当；
     
   • 每月扣减后工资不低于当地最低工资标准。

4. 特殊情形：工会经费使用中的“罚款”
   若企业将罚款名义的资金用于工会活动（如安全知识竞赛奖励基金），且经工会同意、员工书面确认，可能被认定为自愿捐赠而非罚款。但此方式存在较大法律风险，不建议采用。

建议：企业应立即审查车间管理制度，删除所有“罚款”条款，改用“绩效扣分+损失赔偿”的合法模式。若需进一步规范用工管理，可直接向我咨询具体制度设计方案。