劳动者申请工伤认定的时效期间不包含申请确认劳动关系期间。具体分析如下：

1. 工伤认定申请时效的法律规定
   根据《工伤保险条例》第十七条，劳动者发生事故伤害或被诊断为职业病后，应在1年内向社会保险行政部门提出工伤认定申请。该期限为不变期间，自事故伤害发生之日或职业病确诊之日起算，不存在中止、中断情形。

2. 劳动关系确认程序的独立性
   若用人单位否认劳动关系，劳动者需先通过劳动仲裁或诉讼确认劳动关系。此程序属于工伤认定的前置程序，但根据《人力资源社会保障部关于执行〈工伤保险条例〉若干问题的意见》第五条，确认劳动关系的期间不计算在工伤认定申请时效内。例如：劳动者于2023年1月1日受伤，2023年6月1日通过仲裁确认劳动关系，则其工伤认定申请时效仍从2023年1月1日起算1年，仲裁期间不计入。

3. 实务操作中的注意事项

   • 时效中断的例外：若劳动者在1年内已提起劳动关系确认之诉，但法院审理超过1年，此时需结合具体案情判断是否构成时效中断。
     
   • 证据保留义务：劳动者应及时固定受伤事实证据（如医疗记录、证人证言），避免因劳动关系确认程序延误导致关键证据灭失。
     
   • 行政与司法衔接：若社会保险行政部门以超过时效为由不予受理，劳动者可依法提起行政复议或行政诉讼，主张确认劳动关系期间不计入时效。

建议：若用人单位否认劳动关系，劳动者应同步推进两件事：

1. 向社保部门提交工伤认定申请（附初步证据，如工作证、工资记录）；
   
2. 立即启动劳动关系确认程序（仲裁或诉讼），并在工伤认定申请中明确说明正在进行劳动关系确认，要求社保部门中止审理待劳动关系明确后恢复。
   

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