确认劳动关系的时间是包含在申请工伤的一年期限内的，但为确认劳动关系申请仲裁、提起民事诉讼的时间不计算在该一年期限内。以下是对此问题的详细解释：
法律依据与解读
根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤职工或者其近亲属、工会组织应当在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内提出工伤认定申请。这是申请工伤认定的基本时间限制。然而，《人力资源和社会保障部关于执行<工伤保险条例>若干问题的意见(二)》进一步明确，当事人就确认劳动关系申请劳动仲裁或提起民事诉讼的，被延误的时间不计算在工伤认定申请时限内。
具体应用与解释
基本时间限制：
- 正常情况下，工伤职工或其近亲属、工会组织应在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内提出工伤认定申请。
确认劳动关系的时间处理：
- 如果在申请工伤认定前，需要先确认劳动关系，并且因此进入了劳动仲裁或民事诉讼程序，那么这段时间将不被计入工伤认定申请的一年期限内。
- 例如，如果工伤职工在受伤后花费了6个月时间来确认劳动关系，那么这6个月将不被计入一年期限，工伤职工仍有6个月的时间来提出工伤认定申请。
扣除后的时限计算：
- 在计算工伤认定申请时限时，应将为确认劳动关系申请仲裁、提起民事诉讼的时间予以扣除。
- 如果扣除后的时限不满1年的，工伤职工依然可以提出工伤认定申请。
实际操作建议
- 及时行动：尽管确认劳动关系的时间不计入工伤认定申请的一年期限内，但工伤职工或其近亲属、工会组织仍应尽快行动，避免不必要的延误。
- 保留证据：在申请工伤认定和确认劳动关系的过程中，应妥善保留相关证据，如医疗记录、工伤事故报告、劳动关系证明等，以便在需要时提供。
- 咨询专业律师：如果对工伤认定申请流程或确认劳动关系的过程有疑问，建议咨询专业律师，以确保自身权益得到保障。
可能的法律后果
- 逾期申请：如果未在扣除确认劳动关系时间后的一年内提出工伤认定申请，可能会面临无法获得工伤认定和相应工伤待遇的风险。
- 证据缺失：如果在申请过程中未能提供充分的证据来支持工伤认定或确认劳动关系，可能会导致申请被驳回或诉讼失败。
总结来说，确认劳动关系的时间是包含在申请工伤的一年期限内的，但为确认劳动关系而申请仲裁、提起民事诉讼的时间不计算在该一年期限内。因此，工伤职工或其近亲属、工会组织在申请工伤认定时，应充分考虑这一因素，并尽快采取行动以保障自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。