关于您提出的“申请工伤认定是确定劳动关系时开始计算时效吗”这一问题，我可以为您详细解答。
首先，需要明确的是，申请工伤认定的时效并非从确定劳动关系时开始计算，而是根据事故伤害发生或被诊断为职业病的时间来确定。具体来说，工伤认定时效的计算分为两种情况：
一、单位申请时效
根据《工伤保险条例》的相关规定，用人单位应当在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是用人单位的法定义务，旨在及时保障员工的合法权益。如果用人单位未在规定时间内提出申请，期间产生的符合规定的工伤费用将由用人单位承担。
二、个人申请时效
若用人单位未在规定时间内提出工伤认定申请，工伤职工或其近亲属、工会组织有权在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。这一规定确保了员工在单位未履行义务时，仍能通过自身努力维护权益。
特殊情况下的时效调整
在实际操作中，可能存在一些特殊情况影响时效的计算。例如：
不可抗力：如遇地震、洪水等自然灾害，导致员工无法在规定的1年内申请工伤认定，那么不可抗力影响的期间应予以扣除。员工可在灾害影响消除后继续申请，且这段时间不计入时效期间。
人身自由受到限制：若员工因被采取限制人身自由的强制措施（如刑事拘留）等原因无法申请工伤认定，被限制人身自由的时间也不计算在工伤认定申请期限内。员工在被释放后，可继续申请工伤认定。
用人单位原因：若由于用人单位隐瞒事故真相、拒绝提供相关材料等原因，导致员工未能及时申请工伤认定，员工可在阻碍因素消除后继续申请。此时，时效计算应考虑合理扣除受用人单位阻碍的时间。
超过时效的处理方式
如果员工超过1年的申请时效才提出工伤认定申请，社会保险行政部门可能会不予受理。但这并不意味着员工完全丧失了维权途径。员工仍可通过民事诉讼等途径，向用人单位主张民事赔偿。然而，这可能会面临更大的法律风险和举证困难。
综上所述，申请工伤认定的时效并非从确定劳动关系时开始计算，而是根据事故伤害发生或被诊断为职业病的时间来确定。在遇到特殊情况时，员工应及时咨询专业律师或相关部门，以确保自己的合法权益得到有效保障。希望这个解答能对您有所帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。