关于医生开两周病假是否合法的问题，这主要取决于医生是否遵循了相关的医疗法规和职业道德规范。

首先，根据《医师法》的规定，医师在实施医疗、预防、保健措施，以及签署有关医学证明文件时，必须亲自进行诊查、调查，并按照规定及时填写病历等医学文书。这意味着，医生在开具病假条之前，必须对患者进行实际的诊查，了解患者的病情和需要休息的时间，然后才能根据实际情况开具病假条。

其次，医生不得出具虚假的医学证明文件，也不得出具与自己执业范围无关或者与执业类别不相符的医学证明文件。这是为了确保医学证明文件的真实性和准确性，保护患者的权益，同时也维护了医疗行业的声誉和公信力。

现在，我们回到具体的问题上。如果医生在亲自诊查了患者，并认为患者确实需要休息两周的情况下，开具了两周的病假条，那么这是合法的。因为医生遵循了医疗法规，根据患者的实际情况进行了合理的判断和决策。

然而，如果医生没有亲自诊查患者，或者在没有充分了解患者病情的情况下，就随意开具了两周的病假条，那么这是不合法的。因为这种行为可能违反了《医师法》的相关规定，也可能给患者和用人单位带来不必要的麻烦和损失。

此外，医疗机构也有责任对医生开具的病假条进行审核和管理。如果医疗机构未经审核就为病假条加盖印章并出具，那么医疗机构也可能承担相应的法律责任。

综上所述，医生开两周病假是否合法，主要取决于医生是否亲自诊查了患者，并根据患者的实际情况进行了合理的判断和决策。同时，医疗机构也有责任对病假条进行审核和管理，以确保其真实性和准确性。如果您对医生开具的病假条有疑问或不满，建议您及时与医生或医疗机构进行沟通协商，或者向相关部门进行投诉和举报。