关于补充协议如何作废的问题，这通常取决于补充协议的性质、内容以及相关法律法规的规定。以下是一些一般性的指导和建议，希望能对您有所帮助：
一、补充协议作废的基本原则
补充协议作为原合同的补充或修改，其作废通常需要满足一定的法律条件。一般来说，如果补充协议存在以下情形之一，可能被视为无效或可作废：
违反法律法规：如果补充协议的内容违反了国家法律法规的强制性规定，那么该协议自始无效。
欺诈、胁迫或显失公平：如果一方在签订补充协议时存在欺诈、胁迫等行为，或者协议内容显失公平，损害了一方当事人的合法权益，那么受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销该协议。
主合同无效：如果补充协议所依赖的主合同被认定为无效，那么补充协议也可能因此无效。但需要注意的是，如果补充协议是对主合同中既存债权债务关系的结算和清理，且不依附于主合同而存在，那么它可能具有独立性，不受主合同无效的影响。
二、补充协议作废的具体操作
协商作废：双方当事人可以通过协商一致的方式，签订书面协议来作废原有的补充协议。这种方式最为简便快捷，且能够避免不必要的法律纠纷。
单方声明作废：在特定情况下，如一方当事人存在严重违约行为，另一方当事人有权单方声明作废补充协议。但这种方式需要谨慎使用，因为单方声明作废可能引发法律纠纷，且需要承担相应的法律责任。
通过法律途径作废：如果双方当事人无法就补充协议的作废达成一致意见，或者一方当事人拒绝履行补充协议，另一方当事人可以通过法律途径（如起诉或申请仲裁）来请求法院或仲裁机构作废该协议。
三、注意事项
保留证据：在协商或法律途径作废补充协议的过程中，双方当事人应保留好相关证据，如书面协议、聊天记录、邮件往来等，以证明自己的主张。
遵守法律程序：如果通过法律途径作废补充协议，双方当事人应遵守法律程序，如起诉或申请仲裁的时效、管辖法院或仲裁机构的选择等。
考虑实际影响：在作废补充协议之前，双方当事人应充分考虑作废协议可能带来的实际影响，如经济损失、商业信誉等，并做好相应的应对措施。
四、案例参考
以您提供的案例为例，如果补充协议是对原施工合同的补充约定，且原施工合同因挂靠等行为被认定为无效，那么该补充协议也可能被视为无效。但如果补充协议是对既存债权债务关系的结算和清理，且不依附于原施工合同而存在，那么它可能具有独立性，不受原施工合同无效的影响。在这种情况下，如果一方当事人希望作废该补充协议，就需要通过协商或法律途径来解决。
综上所述，补充协议的作废需要根据具体情况来判断和处理。如果您面临这样的问题，建议咨询专业的法律人士以获取更具体的指导和建议。