公司做两套账是否违法，关键在于建账的目的和账套内容的真实性，具体分析如下：

1. 违法情况：

   • 非法目的：若公司出于避税、财务造假、隐瞒真实财务状况等非法目的设置两套账，则属于违法行为。这种行为违反了《中华人民共和国公司法》第一百七十一条关于“公司除法定的会计账簿外，不得另立会计账簿”的规定，同时也违反了《中华人民共和国会计法》中关于会计核算真实性、完整性的要求。
   • 法律后果：一旦被发现，公司将面临严重的法律后果，包括限期改正、罚款、行政处分，甚至可能构成犯罪，如妨害清算罪、虚假破产罪等，直接负责的主管人员和其他直接责任人员将面临有期徒刑、拘役及罚金等刑罚。此外，若通过两套账隐瞒收入、虚增成本以逃避税款，还将严重违反《中华人民共和国税收征收管理法》，构成偷税行为，税务机关将追缴税款、滞纳金，并处以高额罚款。

2. 合法情况：

   • 合法管理需求：如果公司基于合法、合理的管理需求，在同一会计主体内编制多套辅助账套，且这些账套的核算基础真实、未违反相关法律法规，则不构成违法。例如，公司可能为了内部管理、决策支持等目的，设置不同的账套来记录不同方面的财务信息，只要这些账套的内容真实、合法，且建账目的明确、合理，就不属于违法行为。

建议与总结：

• 加强内部控制：企业应建立健全的内部控制制度，确保会计信息的真实性和完整性。对于任何涉嫌违法的会计行为，应及时纠正并主动向相关部门报告。
• 遵守法律法规：企业应严格遵守《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国会计法》以及《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，确保所有会计活动都符合法律法规的要求。
• 谨慎处理账套：在设置账套时，企业应谨慎考虑建账的目的和账套内容的真实性，避免因为非法目的或虚假记载而引发法律风险。

企业在处理账套问题时，应始终遵循法律法规的要求，确保会计信息的真实性和完整性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。